tag:blogger.com,1999:blog-86440054062514497862024-02-23T06:54:26.632+09:00地球・有機物・生命についての研究メモA Blog about Earth, Organic Matter, and Life.YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comBlogger146125tag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-17330274114682509922020-12-31T22:00:00.002+09:002020-12-31T22:01:51.132+09:00個人的「この論文がすごい!2020」 A personal list of “Breakthrough of the Year” 2020もはや年1回のBlog更新ですが、昨年に引き続き。2020年に見つけた新着論文(水圏有機地球化学や同位体地球化学の分野)の中で、手法やアイディアの新しさ・重要性に個人的に「!」となって、特にアンテナに引っかかった論文11本のリストです。順不同。Investigating
the Ionization of Dissolved Organic Matter by ElectrosprayPatriarca C., Balderrama A., Može M., Sjöberg P. J. R., Bergquist
J., Tranvik L. J. and Hawkes J. A.Analytical Chemistry 92, 14210–14218. (2020)Rapid microbial diversification of dissolved organic matter YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-5091486463154744172019-12-30T16:28:00.000+09:002019-12-30T17:59:16.095+09:00個人的「この論文がすごい!2019」 A personal list of “Breakthrough of the Year” 2019
もはや年1回のBlog更新になりつつありますが、昨年に引き続き。2019年に見つけた新着論文(水圏有機地球化学や同位体地球化学の分野)の中で、手法やアイディアの新しさ・重要性に個人的に「!」となって、特にアンテナに引っかかった論文10本のリストです。順不同。
Improved ultraviolet photo-oxidation system yields estimates for deep-sea dissolved organic nitrogen and phosphorus
Foreman, R. K., Björkman, K. M., Carlson,
C. A., Opalk, K., and Karl, D. M. (2019)
Limnology and Oceanography: Methods, 17(4),
277–291.
YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-75066261529059543002018-12-27T18:40:00.002+09:002018-12-29T10:30:19.251+09:00個人的「この論文がすごい!2017」 A Personal List of “Breakthrough of the Year” 2017
実は去年の年末にも、個人的「この論文がすごい!」2017年版を、途中まで作成していたのですが、結局Blogに投稿せずに、2018年の年末になってしまいました。。せっかくなので、リストだけでも載せておきます。
2017年に見つけた新着論文の中で、個人的に「!」となって、特にアンテナに引っかかった論文11本のリストです。
<水中溶存有機物> Dissolved organic matter
A Major Step in Opening the Black Box of High-Molecular-Weight Dissolved Organic Nitrogen by Isotopic Labeling of Synechococcus and Multibond Two-Dimensional NMR
Cao, X., Mulholland, M.R., YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-57054676566332384122018-12-27T18:30:00.000+09:002018-12-29T10:29:21.645+09:00個人的「この論文がすごい!2018」 A Personal List of “Breakthrough of the Year” 2018
このBlogへの投稿自体が5年ぶりと、めちゃくちゃ久しぶりですが、またちょくちょく論文や研究のメモなど記録していきたいと思います。
2018年に見つけた新着論文の中で、手法やアイディアの新しさ・重要性に個人的に「!」となって、特にアンテナに引っかかった論文11本のリストです。(学会等で聞いたりして内容は以前から知っていたものも含みますが)
基本的に有機地球化学と同位体地球化学の関連で、けっこうマニアックな論文が多いです。順位は無くて、ざっくりとカテゴリ(水圏有機物、同位体比分析法)で分けました。
(そのうち短い解説を追記するかも)
<水圏環境中有機物> Organic matter in aquatic environments
Free extracellular enzymes dominate initial peptide hydrolysis YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-56157360910794190952013-11-07T03:54:00.000+09:002013-11-07T03:54:32.723+09:00特に気になった新着論文 2013年10月 New Papers (Oct. 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->The response of methane hydrate beneath the
seabed offshore Svalbard to ocean warming during the next three centuries
Marín-Moreno, H., Minshull, T.A.,
Westbrook, G.K., Sinha, B., Sarkar, S.
Geophysical
Research Letters. Article first published online: 3 OCT 2013, DOI:
10.1002/grl.50985
<!--[if !supportLists]-->2. &YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-60558896339738295102013-10-26T07:42:00.000+09:002017-12-28T16:12:54.257+09:00集めた論文の覚書 [海洋溶存有機物の放射性炭素同位体] Literature Review [Radiocarbon in ocean dissolved organic matter]
とりあえず文献情報のみメモ。
<!--[if !supportLists]-->1.
<!--[endif]-->Natural Radiocarbon Activity of the
Dissolved Organic Carbon in the North-east Pacific Ocean
Williams, P.M., Oeschger, H., Kinney, P., 1969.
Nature 224, 256–258.
<!--[if !supportLists]-->2.
<!--[endif]-->Radiocarbon in dissolved organic matter in the central North Pacific
Ocean
Williams, P.M.,YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-10796112135529586722013-10-09T03:33:00.000+09:002013-10-09T03:33:48.912+09:00特に気になった新着論文 2013年9月 New Papers (Sep. 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->Microbial diversity in The Cedars, an
ultrabasic, ultrareducing, and low salinity serpentinizing ecosystem
Suzuki, S., Ishii, S., Wu, A., Cheung, A.,
Tenney, A., Wanger, G., Kuenen, J.G., Nealson, K.H.
Proceedings
of the National Academy of Sciences of the United States of America. Published
online September 3, 2013, doi: 10.1073/YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-47755529473808359202013-10-02T13:44:00.000+09:002013-10-03T01:58:50.118+09:00IPCC WG1 AR5 第5章(古気候):概要の抜粋和訳
IPCC WG1 AR5(気候変動に関する政府間パネル 第一作業部会 第5次報告書)のFinal Draftが先日、公式に公開された。2013年3月までの、気候変動に関する自然科学的知見がまとめられている。
http://www.climatechange2013.org/report/review-drafts/
ここでは、自分の研究分野に関連する第5章(古気候記録からの情報)について、概要(Executive Summary)の中で太字強調されている部分を抜粋して、2013年9月30日時点の「速報版」として、日本語訳してみた。ざっと概観するぶんには便利だと思う。(いくつかのトピックに関しては、そのうちに解説めいたものを書くかもしれない)
なお、今回のIPCC WG1 AR5 第5章は、「2007年発行のIPCC WG1 AR4 第6章(古気候)のYTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-41806853121723142242013-09-07T15:04:00.000+09:002013-09-22T07:26:50.524+09:00読んだ本まとめ 2013年8月 Book memo (Aug. 2013)
2013年8月に読んだ本の一言感想とリンク、印象的な一節の記録。12冊。
・『輝く断片』(シオドア・スタージョン 著)
・『シップブレイカー』(パオロ・バチガルピ 著)
・『4%の宇宙 宇宙の96%を支配する“見えない物質”と“見えないエネルギー”の正体に迫る』(リチャード・パネク
著)
・『ガリレオの生涯』(ベルトルト・ブレヒト 著)
・『ゲイルズバーグの春を愛す』(ジャック・フィニイ 著)
・『R62号の発明・鉛の卵』(安部公房 著)
・『重力の再発見 アインシュタインの相対論を超えて』(ジョン・W・モファット 著)
・『10.8 巨人vs.中日 史上最高の決戦』(鷲田康 著)
・『マネー・ボール 完全版』(マイケル・ルイス 著)
・『戦闘妖精・雪風〈改〉』(神林長平 著)
・『古事記』(倉野憲司 校注)
・『宇宙のあいさつ』(星新一 著) YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-67354412519034590832013-09-04T08:19:00.000+09:002013-10-30T11:34:53.498+09:00特に気になった新着論文 2013年8月 New Papers (Aug. 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->Nitrogen losses in anoxic marine sediments
driven by Thioploca–anammox bacterial consortia
Prokopenko, M.G., Hirst, M.B., De Brabandere,
L., Lawrence, D.J.P., Berelson, W.M., Granger, J., Chang, B.X., Dawson, S.,
Crane III, E.J., Chong, L., Thamdrup, B., Townsend-Small, A., Sigman, D.M.
Nature
500, 194–198. Published online 07 YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-73726137235583888852013-08-14T11:14:00.001+09:002013-09-24T12:31:59.387+09:00有機地球化学の教科書 Textbooks of Organic Geochemistry
たまに「有機地球化学の教科書でオススメを教えてほしい」的なことを聞かれるので、個人的にオススメな教科書(+α)をリスト化して、一言紹介やリンクを載せておきます。生物的な有機地球化学がメインです。有機物そのものの物質循環(特に海洋)に関するものが多いかもしれません。新しく見つけたり、思い出したりしたら、適宜追加します。
・地球化学講座4「有機地球化学」
・Chemical Biomarkers in Aquatic Ecosystems
・Geochemistry of Marine Sediments
・Marine Geochemistry
・Ocean Biogeochemical Dynamics
・Biogeochemistry of Marine Dissolved Organic Matter
・Photobiogeochemistry of Organic MatterYTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-11621183153363929962013-08-08T11:48:00.000+09:002013-09-24T12:32:34.477+09:00学術書の覚書 [Microbial Ecology of the Oceans, 2nd Edition] (Chapter 1-5)
Microbial Ecology of the Oceans, 2nd Edition
David L. Kirchman (Editor)
Wiley-Liss, 620 pp. (2008)
海洋微生物生態学の教科書。微生物学の知識を元々あまり持っていなかったので、この本から得た知識は、自分の中ではかなり重要でした。海洋の微生物や生物地球化学を扱う人には、非常にオススメです。M2の時に買って、こつこつ読み進めて、D3になってようやく読み終えました。各章のメモをまとめておきます。今回はとりあえず1-5章。(後の章もそのうち)
以前にこのBlogにも紹介を載せた『Ocean Biogeochemical Dynamics』(Sarmiento and Gruber, 2006)では、生物学的な話はかなりさらっと扱われていたので、本書と合わせて読むことで、海洋物質循環YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-90670053338111837592013-08-03T07:49:00.000+09:002013-12-23T10:38:36.472+09:00特に気になった新着論文 2013年7月 New Papers (July 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->What caused the long duration of the
Paleocene-Eocene Thermal Maximum?
Zeebe, R.E.
Paleoceanography.
Accepted manuscript online: 1 JUL 2013, DOI: 10.1002/palo.20039
<!--[if !supportLists]-->2. <!--[endif]-->Regional variation in the particulate
organic carbon to nitrogen ratio in the surface ocean
Martiny, YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-8633838815493228842013-08-01T17:25:00.000+09:002013-09-22T07:28:31.741+09:00読んだ本まとめ 2013年7月 Book memo (July. 2013)
2013年7月に読んだ本の一言感想とリンク、印象的な一節の記録。10冊。
『60年代日本SFベスト集成』(筒井康隆
編)
『わたしを離さないで』(カズオ・イシグロ 著)
『果しなき流れの果に』(小松左京 著)
『火星ダーク・バラード』(上田早夕里 著)
『ヴァリス』(フィリップ・K・ディック 著)
『てのひらの宇宙 星雲賞短編SF傑作選』(大森望
編)
『2001年宇宙の旅 決定版』(アーサー・C・クラーク 著)
『2010年宇宙の旅 新版』(アーサー・C・クラーク 著)
『アリの巣をめぐる冒険 未踏の調査地は足下に』(丸山宗利 著)
『われらをめぐる海』(レイチェル・カースン 著)
<!--[if !supportLists]-->1.
<!--[endif]-->『60年代日本YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-84890587176977243622013-07-05T08:06:00.000+09:002013-07-05T08:06:32.727+09:00特に気になった新着論文 2013年6月 New Papers (June 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->The acceleration of oceanic denitrification
during deglacial warming
Galbraith, E.D., Kienast, M., Galbraith,
E.D., Kienast, M., Albuquerque, A.L., et al.
Nature
Geoscience. doi:10.1038/ngeo1832, Published online 02 June 2013
<!--[if !supportLists]-->2. <!--[endif]-->Influence of sulfate reduction rates on the
YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-31689594509229461932013-07-02T04:23:00.000+09:002013-09-22T07:28:55.540+09:00読んだ本まとめ 2013年6月 Book memo (June. 2013)
2013年6月に読んだ本の一言感想とリンク、印象的な一節の記録(Twitter+追記)。渡米前後でドタバタしていたので、5冊だけ。今月では特に『逆転世界』がすごかった。プリーストの最高傑作という宣伝文句もうなずける。
『どんがらがん』(アヴラム・デイヴィッドスン 著)
『もうすぐ絶滅するという紙の書物について』(ウンベルト・エーコ/ジャン=クロード・カリエール 著)
『幸福の遺伝子』(リチャード・パワーズ 著)
『逆転世界』(クリストファー・プリースト 著)
『都市と都市』(チャイナ・ミエヴィル 著)
1.
『どんがらがん』(アヴラム・デイヴィッドスン
著)を読了。異色作家の独特な味わいの短篇集。「そして赤い薔薇一輪を忘れずに」の風変わりな書店と書物が鮮烈。表題作や「尾をつながれた王族」YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-58161748052985896472013-06-29T04:37:00.000+09:002013-09-22T07:29:35.809+09:00読んだ本まとめ 2013年5月 Book memo (May. 2013)
2013年5月に読んだ本の一言感想とリンク、印象的な一節の記録(Twitter+追記)。7冊。今月は特に『極北』が収穫。読後しばらくぼーっとしてしまった。
『鳥類学者 無謀にも恐竜を語る』(川上和人 著)
『極北』(マーセル・セロー 著)
『ゴースト・オブ・ユートピア』(樺山三英 著)
『オープンサイエンス革命』(マイケル・ニールセン 著)
『チョッキー』(ジョン・ウィンダム 著)
『職業としての学問』(マックス・ウェーバー 著)
『読書について』(アルトゥール・ショーペンハウアー 著)
<!--[if !supportLists]-->1.
<!--[endif]-->『鳥類学者 無謀にも恐竜を語る』(川上和人 著)を読了。うん、面白い。ここ10年くらいの恐竜学の進歩(特に羽毛恐竜関係)がYTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-86599206152755449392013-06-27T08:16:00.000+09:002013-06-27T08:17:54.791+09:00特に気になった新着論文 2013年5月 New Papers (May 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->Widespread Production of Extracellular
Superoxide by Heterotrophic Bacteria
Diaz, J.M., Hansel, C.M., Voelker, B.M.,
Mendes, C.M., Andeer, P.F., Zhang, T.
Science.
Published Online May 2 2013, DOI: 10.1126/science.1237331
<!--[if !supportLists]-->2. <!--[endif]-->Molecular biological and isotopic
biogeochemical YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-23473121887789564172013-06-27T08:14:00.001+09:002013-06-27T08:17:04.701+09:00特に気になった新着論文 2013年4月 New Papers (Apr. 2013)
<!--[if !supportLists]-->1. <!--[endif]-->Nitrification-driven forms of nitrogen
metabolism in microbial mat communities thriving along an ammonium-enriched
subsurface geothermal stream
Nishizawa, M., Koba, K., Makabe, A.,
Yoshida, N., Kaneko, M., Hirao, S., Ishibashi, J., Yamanaka, T., Shibuya, T.,
Kikuchi, T., Hirai, M., Miyazaki, J., Nunoura, T., Takai, K., 2013.
YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-69700055997345909542013-06-27T08:06:00.002+09:002013-07-02T07:39:10.113+09:00特に気になった新着論文 2013年3月 New Papers (Mar. 2013)
1. Evidence for a persistent microbial seed
bank throughout the global ocean
Gibbons, S.M., Caporaso, J.G., Pirrung, M.,
Field, D., Knight, R., Gilbert, J.A.
Proceedings
of the National Academy of Sciences of the United States of America, Published
online March 4, 2013, doi: 10.1073/pnas.1217767110
→”Everything is everywhere, but the environment selects” という海洋微生物学の有名な仮説を支持YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-89284516199802143552013-06-27T08:06:00.001+09:002013-06-27T08:21:03.945+09:00特に気になった新着論文 2013年2月 New Papers (Feb. 2013)
ドタバタしていて更新が遅れていた新着論文紹介を復活させました。これまで月ごとの「特に気になった新着論文」は10本未満に抑えようとしていましたが、今後は、本数はあまり気にせず「これはちゃんと読んだ方がいいな」と個人的に思った論文を載せておくことにしました。
あと各論文の一言コメントも全部付けていると終わらなくて、いつまでも紹介を載せらなくなってしまうので、付けない場合も多くなります。各論文をちゃんと読んだら、随時追記するかも。
1. Authigenic Carbonate and the History of the
Global Carbon Cycle
Daniel P. Schrag, John. A. Higgins, Francis
A. Macdonald, David T. Johnston
Science
1 YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-76975196837905049062013-05-22T01:59:00.000+09:002017-12-28T16:14:07.790+09:00集めた論文の覚書 [海洋窒素収支のバランスについて] Literature Review [Oceanic nitrogen budget]
「現在の海洋のグローバルな固定窒素収支(主に窒素固定vs広い意味での脱窒)は、バランスしているのか? していないのか?」という論争について。
Altabet (2007, BG) より引用海洋固定窒素収支の同位体マスバランス計算
ここでいう固定窒素は、N2などガス態以外の形態の窒素(硝酸、亜硝酸、アンモニア、有機窒素など)を指します。もし「バランスしていない」(=失われる固定窒素の方が多い)派の値が正しいとすると、現在の状態が続いた場合、海洋固定窒素は3000年くらいで枯渇してしまう計算になります。地球の物質循環や気候変動を考える際に超重要な話なので、激しい議論が数十年間続いています。
また、バランスしている/していないの論争に合わせて、海洋固定窒素の滞留時間の見積もりも、大きく変動してきました。最近になるほど、短い滞留時間(=よりダイナミックな海洋窒素循環)YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-81853529374783993602013-05-17T16:28:00.002+09:002017-12-28T16:14:17.785+09:00集めた論文の覚書 [海洋環境のC:N:P比について] Literature Review [C:N:P ratio in marine environments]
海洋環境(海水&堆積物)のC:N:P比について、面白いなと最近思った論文のメモです。
Deutsch & Weber (2012, ARMS) より引用海水の硝酸塩濃度とリン酸塩濃度のクロスプロット黒実線がN:P比=16:1で、破線が14.5:1
なるほどなぁと思ったのは、海水の栄養塩のN:P比を決めている要因について(1-3番)。栄養塩のN:P比(14.3:1)は、藻類の平均N:P比(Redfield比:16:1)にかなり近いことはよく知られていますが、そのメカニズムは単純ではなく、背後には実は様々なプロセスが働いていることがわかってきました。
海水の有機物のC:N:P比も興味深いです(4-6番)。深海の溶存有機物はかなり高い値を示しますが、無機化される画分は比較的低めでRedfield比にわりと近い値です(4番)。懸濁態有機物は、緯度によってYTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-15014475484896731072013-05-11T14:44:00.000+09:002017-12-28T16:14:27.304+09:00集めた論文の覚書 [クオラムセンシングと物質循環] Literature Review [Quorum sensing and biogeochemical cycles]
数年前から微生物間のシグナルのやり取りに興味を持ち始めて、そうしたプロセスが特に地球の物質循環に影響していると面白いなーと思って、ちょっとずつ勉強しています。今回はクオラムセンシング(Quorum Sensing)について、集めた論文をメモしておきます。
クオラムセンシングが海洋沈降有機物粒子の分解に影響?Hmelo et al. (2011, Env Microbiol Rep) より引用
クオラムセンシングについては、例えば下記Websiteなどに分かりやすい解説が載っていますが、自分と同種の微生物の生息密度を感知して、それに応じて物質(細胞外加水分解酵素とか)の産生をコントロールする機構のことです。周りに仲間がたくさんいたら活動を頑張る、という微生物の戦略ですね。
Quorum Sensingって何?(宇都宮大学 生物工学研究室)
物質循環との関係を論YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-8644005406251449786.post-70870317190104865742013-05-06T00:09:00.002+09:002017-12-28T16:14:35.602+09:00集めた論文の覚書 [昔のN2O] Literature Review [N2O in the past]
2011年にHくんやIさんが開催したN2O勉強会で「昔のN2O」というお題でレビュー発表したことがあって、その時に紹介した論文(+α)を見返してみたので、メモしておきます。自分自身ではN2O(亜酸化窒素、一酸化二窒素)の研究はしていないけど、以前から気にしているテーマの一つ。
前半は、アイスコアを使った第四紀の大気N2O濃度復元と、その変動のタイミング・要因の謎について。N2Oの温室効果が重要というよりは、グローバルな窒素循環の変動の指標としてのN2Oの重要性。古気候古海洋学界隈でも知らない人も多い話題だけど、特に1000年スケール気候変動のメカニズムを考える上ではかなり重要だと個人的には考えて注目しています。氷中の微生物によるN2O記録の変質の問題(5、7番)はありますが、少なくとも3番などで議論している変動のタイミングの話は、様々なアイスコアの様々な時代で見YTYhttp://www.blogger.com/profile/06684854320314496806noreply@blogger.com