2013年6月29日土曜日

読んだ本まとめ 2013年5月 Book memo (May. 2013)


20135月に読んだ本の一言感想とリンク、印象的な一節の記録(Twitter+追記)。7冊。今月は特に『極北』が収穫。読後しばらくぼーっとしてしまった。

『鳥類学者 無謀にも恐竜を語る』(川上和人 著)
『極北』(マーセル・セロー 著)
『ゴースト・オブ・ユートピア』(樺山三英 著)
『オープンサイエンス革命』(マイケル・ニールセン 著)
『チョッキー』(ジョン・ウィンダム 著)
『職業としての学問』(マックス・ウェーバー 著)
『読書について』(アルトゥール・ショーペンハウアー 著)

2013年6月27日木曜日

特に気になった新着論文 2013年5月 New Papers (May 2013)


Diaz, J.M., Hansel, C.M., Voelker, B.M., Mendes, C.M., Andeer, P.F., Zhang, T.
Science. Published Online May 2 2013, DOI: 10.1126/science.1237331

Nunoura, T., Nishizawa, M., Kikuchi, T., Tsubouchi, T., Hirai, M., Koide, O., Miyazaki, J., Hirayama, H., Koba, K., Takai, K.
Environmental Microbiology. Accepted manuscript online: 6 MAY 2013, DOI: 10.1111/1462-2920.12152

Vo, J., Inwood, W., Hayes, J.M., Kustu, S.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Published online May 6, 2013, doi: 10.1073/pnas.1216683110

Coolen, M.J.L., Orsi, W.D., Balkema, C., Quince, C., Harris, K., Sylva, S.P., Filipova-Marinova, M., Giosan, L.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Published online before print May 6, 2013, doi: 10.1073/pnas.1219283110

Morono, Y., Terada, T., Kallmeyer, J., Inagaki, F.
Environmental Microbiology. Accepted manuscript online: 13 MAY 2013, DOI: 10.1111/1462-2920.12153

Bombar, D., Turk-Kubo, K.A., Robidart, J., Carter, B.J., Zehr, J.P.
Environmental Microbiology Reports. Accepted manuscript online: 14 MAY 2013

Vancoppenolle, M., Meiners, K.M., Michel, C., Bopp, L., Brabant, F., Carnat, G., Delille, B., Lannuzel, D., Madec, G., Moreau, S., Tison, J.-L., Van der Merwe, P.
Quaternary Science Reviews. Available online 15 May 2013

Von Bergen, M., Jehmlich, N., Taubert, M., Vogt, C., Bastida, F., Herbst, F.-A., Schmidt, F., Richnow, H.-H., Seifert, J.
The ISME Journal. Online publication 16 May 2013

Liu, S.Y., Kleber, M., Takahashi, L.K., Nico, P., Keiluweit, M., Ahmed, M.
Analytical Chemistry 85, 6100–6106. Publication Date (Web): May 16, 2013

Ozaki, K., Tajika, E.
Earth and Planetary Science Letters. Available online 17 May 2013

Bodé, S., Fancy, R., Boeckx, P.
Rapid Communications in Mass Spectrometry 27, 1367–1379. published online: 17 MAY 2013

Van Trump, J.I., Rivera Vega, F.J., Coates, J.D.
Astrobiology 13, 476–482. May 17, 2013

Parnell, J., Boyce, A.J., Hurst, A., Davidheiser-Kroll, B., Ponicka, J.
Scientific Reports 3, 1828. Published 17 May 2013

Ward, N.D., Keil, R.G., Medeiros, P.M., Brito, D.C., Cunha, A.C., Dittmar, T., Yager, P.L., Krusche, A. V., Richey, J.E.
Nature Geoscience. Published online 19 May 2013, doi:10.1038/ngeo1817.

Danger, G., Orthous-Daunay, F.-R., De Marcellus, P., Modica, P., Vuitton, V., Duvernay, F., Flandinet, L., Le Sergeant d’Hendecourt, L., Thissen, R., Chiavassa, T.
Geochimica et Cosmochimica Acta 118, 184–201. Available online 21 May 2013

Fulweiler, R., Brown, S., Nixon, S., Jenkins, B.
Marine Ecology Progress Series 482, 57–68. Published May 22 2013.

Baker, B.J., Sheik, C.S., Taylor, C.A., Jain, S., Bhasi, A., Cavalcoli, J.D., Dick, G.J.
The ISME Journal. advance online publication 23 May 2013; doi: 10.1038/ismej.2013.85

Mayhew, L.E., Ellison, E.T., McCollom, T.M., Trainor, T.P., Templeton, A.S.
Nature Geoscience 6, 478–484. Published online 26 May 2013

Honey, D., Gledhill, M., Bibby, T., Legiret, F., Pratt, N., Hickman, A., Lawson, T., Achterberg, E.
Marine Ecology Progress Series 483, 1–17. Published May 30 2013.

特に気になった新着論文 2013年4月 New Papers (Apr. 2013)


Nishizawa, M., Koba, K., Makabe, A., Yoshida, N., Kaneko, M., Hirao, S., Ishibashi, J., Yamanaka, T., Shibuya, T., Kikuchi, T., Hirai, M., Miyazaki, J., Nunoura, T., Takai, K., 2013.
Geochimica et Cosmochimica Acta. Available online 3 April 2013

Purkamo, L., Bomberg, M., Nyyssönen, M., Kukkonen, I., Ahonen, L., Kietäväinen, R., Itävaara, M.
FEMS Microbiology Ecology. Accepted manuscript online: 8 APR 2013

Ghasemi, S., Khoshgoftarmanesh, A.H., Afyuni, M., Hadadzadeh, H., Schulin, R.
Soil Biology and Biochemistry 63, 73–79. Available online 9 April 2013

Brazelton, W.J., Morrill, P.L., Szponar, N., Schrenk, M.O.
Applied and Environmental Microbiology. Published ahead of print 12 April 2013

Etiope, G., Lollar, B., 2013.
Reviews of Geophysics. Accepted manuscript online: 12 APR 2013

DeVries, T., Deutsch, C., Rafter, P.A., Primeau, F.
Biogeosciences 10, 2481–2496. Published: 15 April 2013

Rontani, J.-F., Volkman, J.K., Prahl, F.G., Wakeham, S.G.
Organic Geochemistry 59, 95–113. Available online 16 April 2013

Jaffe, R., Ding, Y., Niggemann, J., Vahatalo, A. V., Stubbins, A., Spencer, R.G.M., Campbell, J., Dittmar, T.
Science 340, 345–347. 19 April 2013

Strickland, M.S., McCulley, R.L., Bradford, M.A.
Soil Biology and Biochemistry 64, 65–67. Available online 24 April 2013

Reinhard, C.T., Planavsky, N.J., Lyons, T.W., 2013.
Nature. Published online 24 April 2013

Hart, K.M., Kulakova, A.N., Allen, C.C.R., Simpson, A.J., Oppenheimer, S.F., Masoom, H., Courtier-Murias, D., Soong, R., Kulakov, L.A., Flanagan, P. V, Murphy, B.T., Kelleher, B.P.
Environmental Science & Technology. April 24, 2013, DOI: 10.1021/es3050696

Panagiotopoulos, C., Repeta, D.J., Mathieu, L., Rontani, J.-F., Sempéré, R.
Marine Chemistry. Available online 25 April 2013

McGrath, J.W., Chin, J.P., Quinn, J.P.
Nature Reviews Microbiology 11, 412–419. Published online 29 April 2013

特に気になった新着論文 2013年3月 New Papers (Mar. 2013)


Gibbons, S.M., Caporaso, J.G., Pirrung, M., Field, D., Knight, R., Gilbert, J.A.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Published online March 4, 2013, doi: 10.1073/pnas.1217767110
→”Everything is everywhere, but the environment selects” という海洋微生物学の有名な仮説を支持する兆候。海洋1地点について深くシーケンスして微生物群集組成を調べていくと、全球の海洋微生物群集データをカバーする率がどんどん上がっていく。シーケンス速度が現在のペースで上がっていけば、あと3年もすれば実際に検証可能らしい。

Mailloux, B.J., Trembath-Reichert, E., Cheung, J., Watson, M., Stute, M., Freyer, G.A., Ferguson, A.S., Ahmed, K.M., Alam, M.J., Buchholz, B.A., Thomas, J., Layton, A.C., Zheng, Y., Bostick, B.C., Van Geen, A., 2013
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110, 5331–5335. Published online before print March 4, 2013
→バングラデシュの地下の微生物のDNAの放射性炭素濃度を測定すると、周囲の堆積物の有機物よりも何千年も若い。地上から溶存有機物が移流してきて、地下微生物の代謝を支えている?

Molari, M., Manini, E., Dell'Anno, A., 2013.
Global Biogeochemical Cycles 27, 212–221.

Lever, M.A., Rouxel, O., Alt, J.C., Shimizu, N., Ono, S., Coggon, R.M., Shanks, W.C., Lapham, L., Elvert, M., Prieto-Mollar, X., Hinrichs, K.-U., Inagaki, F., Teske, A.
Science 339, 1305–1308. 15 March 2013

Nordi, K.Á., Thamdrup, B., Schubert, C.J.
Limnology and Oceanography 58, 546–554. March 17 2013.

Martiny, A.C., Pham, C.T.A., Primeau, F.W., Vrugt, J.A., Moore, J.K., Levin, S.A., Lomas, M.W.
Nature Geoscience 6, 279–283 (2013) Published online 17 March 2013

Glud, R.N., Wenzhöfer, F., Middelboe, M., Oguri, K., Turnewitsch, R., Canfield, D.E., Kitazato, H.
Nature Geoscience 6, 284–288. Published online 17 March 2013

Burdige, D.J., Komada, T.
Geochemistry Geophysics Geosystems. Accepted manuscript online: 18 MAR 2013, DOI: 10.1002/ggge.20117

McLauchlan, K.K., Williams, J.J., Craine, J.M., Jeffers, E.S.
Nature 495, 352–355. Published online 20 March 2013

Arndt, S., Jørgensen, B.B., LaRowe, D.E., Middelburg, J.J., Pancost, R., Regnier, P.
Earth-Science Reviews. Available online 21 March 2013, doi:10.1016/j.earscirev.2013.02.008

Kuzyakov, Y., Xu, X.
New Phytologist 198, 656–669. published online: 22 MAR 2013

Xie, S., Lipp, J.S., Wegener, G., Ferdelman, T.G., Hinrichs, K.-U.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110, 6010–6014. Published online before print March 25, 2013

Inokuma, Y., Yoshioka, S., Ariyoshi, J., Arai, T., Hitora, Y., Takada, K., Matsunaga, S., Rissanen, K., Fujita, M.
Nature 495, 461–466. Published online 27 March 2013

Lloyd, K.G., Schreiber, L., Petersen, D.G., Kjeldsen, K.U., Lever, M.A., Steen, A.D., Stepanauskas, R., Richter, M., Kleindienst, S., Lenk, S., Schramm, A., Jørgensen, B.B.
Nature 496, 215–218. Published online 27 March 2013

Clemmensen, K.E., Bahr, A., Ovaskainen, O., Dahlberg, A., Ekblad, A., Wallander, H., Stenlid, J., Finlay, R.D., Wardle, D.A., Lindahl, B.D.
Science 339, 1615–1618. 29 March 2013

特に気になった新着論文 2013年2月 New Papers (Feb. 2013)

ドタバタしていて更新が遅れていた新着論文紹介を復活させました。これまで月ごとの「特に気になった新着論文」は10本未満に抑えようとしていましたが、今後は、本数はあまり気にせず「これはちゃんと読んだ方がいいな」と個人的に思った論文を載せておくことにしました。

あと各論文の一言コメントも全部付けていると終わらなくて、いつまでも紹介を載せらなくなってしまうので、付けない場合も多くなります。各論文をちゃんと読んだら、随時追記するかも。

Daniel P. Schrag, John. A. Higgins, Francis A. Macdonald, David T. Johnston
Science 1 February 2013: Vol. 339 no. 6119 pp. 540-543, DOI: 10.1126/science.1229578
→地球史における海洋溶存無機炭素(DIC)のd13Cの変動は、これまで海洋堆積物での有機炭素(低いd13C値を持つ)の埋没フラックスの変動が原因として考えられてきたけど、実は堆積物中自生炭酸塩の埋没フラックスも重要だという提案。特に嫌気的な海洋では、有機物が分解されて生成されたDIC(低いd13C値を持つ)が、堆積物中で自生炭酸塩を作りやすく、海洋DICの同位体マスバランスに有意に影響しうる。つまり、これまでの有機炭素埋没フラックスの復元は間違っている可能性がある。特に後期原生代や古生代、三畳紀などでは、極端に高いDICd13C値が報告されており、その値は自生炭酸塩形成で説明できる? 有機炭素埋没フラックスの復元は、特に大気酸素濃度の復元に重要なので、この話が本当だとすると、地球史の描像が変わってくる可能性もあり、非常に重要。
(参考:東大TさんもBlog解説記事を書いています)

Pohlman, J.W., Riedel, M., Bauer, J.E., Canuel, E. a., Paull, C.K., Lapham, L., Grabowski, K.S., Coffin, R.B., Spence, G.D.
Geochimica et Cosmochimica Acta. Available online 4 February 2013

Wehrmann, L.M., Arndt, S., März, C., Ferdelman, T.G., Brunner, B.
Geochimica et Cosmochimica Acta 109, 175–196. available online 8 February 2013

Dong, H.-P., Wang, D.-Z., Xie, Z.-X., Dai, M.-H., Hong, H.-S.
Geochimica et Cosmochimica Acta 109, 51–61. available online 8 February 2013

Zhao, Y., Temperton, B., Thrash, J.C., Schwalbach, M.S., Vergin, K.L., Landry, Z.C., Ellisman, M., Deerinck, T., Sullivan, M.B., Giovannoni, S.J.
Nature 494, 357–360. Published online 13 February 2013
→海洋に非常に優占するバクテリアであるSAR11グループ(Pelagibacter ubiqueなど)に感染するウイルスを単離。その遺伝子が海洋メタゲノムデータに多く存在することもわかった。SAR11が海洋中で非常に繁栄している理由として、これまで「ウイルス感染死を免れているから」という仮説があったが、今回の研究で棄却される。その代わりに、溶存態有機物の分解など、限られた資源を有効活用する能力に長けていることが、繁栄の理由と考えられる。

Bhatia, M.P., Das, S.B., Xu, L., Charette, M.A., Wadham, J.L., Kujawinski, E.B.
Geochimica et Cosmochimica Acta. Available online 14 February 2013
→グリーンランド氷床の融氷水の溶存態有機炭素(DOC)と懸濁態有機炭素(POC)。2010年にDOM組成の同定(by ESI-FT-ICR-MS)は報告していて(Bhatia et al., 2010, GCA)、今回はバルクで同位体組成分析。フラックスは大きな河川に匹敵するらしい。POCの方が多い。POCは濃度や放射性炭素濃度はあまり変わらないけれど、DOCはけっこう変わる。放射性炭素同位体的に“古い”けれど易分解性な有機炭素は、氷床の下の微生物が古い炭素を使って代謝しているのか、昔の有機物が氷床の下にそのまま残っているのか。

Subramaniam, A., Mahaffey, C., Johns, W., Mahowald, N.
Geophysical Research Letters. DOI: 10.1002/grl.50250, Accepted manuscript online: 15 FEB 2013

Thomas, A.T., Stewart, B.J., Ognibene, T.J., Turteltaub, K.W., Bench, G.
Analytical Chemistry 85, 3644–3650. February 17, 2013

M. C. Bridoux, A. E. Ingalls
Geobiology, published online: 19 FEB 2013, DOI: 10.1111/gbi.12028
→珪藻のバイオマーカーである長鎖ポリアミン(LCPAs)を、白亜紀や始新世の地層から検出。LCPAsは、珪藻がシリカの殻を作るときに使う有機分子。しかも白亜紀の地層では、堆積物の全有機炭素や全窒素の大半を占めるらしく、海洋堆積物中での有機物の保存・埋没メカニズムとしても重要そう。殻に保護されて分解をまぬがれる? 古環境復元の新たなツールとして有望。Bさんはここ数年、分析法開発、現世珪藻群集の分析など、LCPAsに関する論文を立て続けに出している。1年前の学会ではさらに、LCPAsを単離して炭素・窒素同位体組成分析をやりたいようなことを言っていた。

Koho, K. A., Nierop, K. G. J., Moodley, L., Middelburg, J. J., Pozzato, L., Soetaert, K., van der Plicht, J., and Reichart, G-J.
Biogeosciences, 10, 1131-1141, doi:10.5194/bg-10-1131-2013, 2013. Published: 20 February 2013

Kalvelage, T., Lavik, G., Lam, P., Contreras, S., Arteaga, L., Löscher, C.R., Oschlies, A., Paulmier, A., Stramma, L., Kuypers, M.M.M.
Nature Geoscience 6, 228–234. Published online 24 February 2013

Bertram, S., Blumenberg, M., Michaelis, W., Siegert, M., Krüger, M., Seifert, R.
Environmental Microbiology. DOI: 10.1111/1462-2920.12112, Accepted manuscript online: 25 FEB 2013
→嫌気的メタン酸化アーキア(ANME)がメタン生成代謝を行えることの証拠? 黒海のANME-1ANME-2が優占する微生物マットを使って、13C同位体ラベル実験。二酸化炭素やメタノールを使ったメタン生成が検出された。特にANME-1はメタン無しでも生存可能らしい。嫌気的メタン酸化代謝がメタン生成代謝と同じ酵素システムを使う逆反応であることは最近実証されたけど、やはり同じ微生物が両方できるんだなー。メタノール絡みの代謝も面白そう。あと、ANME-1のバイオマーカーになる新しいGDGTs脂質も見つかったらしい。

Hamme, R.C., Emerson, S.R.
Geophysical Research Letters. Accepted manuscript online: 25 FEB 2013, DOI: 10.1002/grl.50275

Letscher, R.T., Hansell, D. A., Carlson, C. A., Lumpkin, R., Knapp, A. N.
Global Biogeochemical Cycles. DOI: 10.1029/2012GB004449, published online: 26 FEB 2013

Komada, T., Burdige, D.J., Crispo, S.M., Druffel, E.R.M., Griffin, S., Johnson, L., Le, D.
Geochimica et Cosmochimica Acta 110, 253–273. available online 27 February 2013

Waterhouse, J.S., Cheng, S., Juchelka, D., Loader, N.J., Mccarroll, D., Roy Switsur, V., Gautam, L., 2013.
Geochimica et Cosmochimica Acta 112, 178–191. 27 February 2013.