2009年12月25日金曜日

新しい論文(091214-091220)

☆Nature☆

Probabilistic assessment of sea level during the last interglacial stageRobert E. Kopp, Frederik J. Simons, Jerry X. Mitrovica, Adam C. Maloof & Michael Oppenheimer
Nature 462, 863-867 (17 December 2009) doi:10.1038/nature08686→確率論的方法を使ったモデリングとデータとを組み合わせて、いちばん最近の間氷期の海水準は現在のそれよりもずっと高かったことが示された。このことは、温暖化に対して、これから氷床がどんな応答をするかについての手がかりを与えてくれる。
【最新論文(Nature, Science)】

A super-Earth transiting a nearby low-mass starDavid Charbonneau, Zachory K. Berta, Jonathan Irwin, Christopher J. Burke, Philip Nutzman, Lars A. Buchhave, Christophe Lovis, Xavier Bonfils, David W. Latham, Stéphane Udry, Ruth A. Murray-Clay, Matthew J. Holman, Emilio E. Falco, Joshua N. Winn, Didier Queloz, Francesco Pepe, Michel Mayor, Xavier Delfosse & Thierry Forveille
Nature 462, 891-894 (17 December 2009) doi:10.1038/nature08679→地球型惑星の探索は、地球の2.7倍の大きさの惑星の発見によって大きく進んだ。この惑星の質量とサイズは、水が豊富にある巨大地球型惑星について理論から予測される値にぴったり。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Science☆
Formation and Survival of Water Vapor in the Terrestrial Planet-Forming RegionThomas Bethell and Edwin Bergin
Science 18 December 2009: Vol. 326. no. 5960, pp. 1675 - 1677, DOI: 10.1126/science.1176879→地球型惑星形成領域での水蒸気の生成と残存性。原始惑星系円盤内の奥深く(赤道面付近)では、水分子は紫外線による解離から自己遮蔽されて、水分子や有機分子が大量に残る。海洋の数千倍の水蒸気が、ハビタブルゾーン内に存在しうる。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Proceedings of the National Academy of Sciences☆
Subcellular localization of marine bacterial alkaline phosphatases
Haiwei Luo, Ronald Benner, Richard A. Long, and Jianjun Hu
PNAS 2009 106:21219-21223; doi:10.1073/pnas.0907586106→海洋メタゲノムデータベースから、有機リンの細胞外加水分解酵素と細胞質内加水分解酵素の遺伝子の量を調べた。細胞内に溶存有機リンを輸送して加水分解するがメインの代謝らしい。
【海洋生元素循環3】

Identifying the missing steps of the autotrophic 3-hydroxypropionate CO2 fixation cycle in Chloroflexus aurantiacusJan Zarzycki, Volker Brecht, Michael Müller, and Georg Fuchs
PNAS 2009 106:21317-21322; doi:10.1073/pnas.0908356106→二酸化炭素固定の3-hydroxypropionate(3HP)回路の、未知の代謝ステップがついに同定された。全体では、重炭酸イオン3つから、13の酵素による19の代謝ステップを経て、ピルビン酸を合成する。
【最新論文(生物系)】

Circumpolar synchrony in big river bacterioplanktonByron C. Crump, Bruce J. Peterson, Peter A. Raymond, Rainer M. W. Amon, Amanda Rinehart, James W. McClelland, and Robert M. Holmes
PNAS 2009 106:21208-21212; doi:10.1073/pnas.0906149106→北極圏の6つの大河川で、バクテリアの群集組成は気候変動を反映して同調して変動しているらしい。
【最新論文(生物系)】


☆Geophysical Research Letters☆
Cosmic ray decreases and changes in the liquid water cloud fraction over the oceansLaken, B., A. Wolfendale, and D. Kniveton
Geophys. Res. Lett. (2009) 36, L23803, doi:10.1029/2009GL040961.→Forbush Decreaseと低層雲中液体水量に関係が見られるとしたSvensmark et al. (2009, GRL)に対する反論。ふーむ??
【太陽と気候2】


☆Organic Geochemistry☆
Performance evaluation of nitrogen isotope ratio determination in marine and lacustrine sediments: An inter-laboratory comparisonEnno Bahlmann, Stefano M. Bernasconi, Steven Bouillon, Marco Houtekamer, Michael Korntheuer, Frauke Langenberg, Christoph Mayr, Marc Metzke, Jack J. Middelburg, Birgit Nagel, Ulrich Struck, Maren Voß, Kay-Christian Emeis
Organic Geochemistry, Volume 41, Issue 1, January 2010, Pages 3-12, doi:10.1016/j.orggeochem.2009.05.008→海洋・湖堆積物のバルク窒素同位体組成分析のラボ間評価。窒素含有量が0.07%以上は、精度0.45‰(2σ)で測れているが、含有量がそれより低いと精度は落ちてしまうらしい。
【最新論文(地球科学系)】

Experimental studies on the stable carbon isotope biogeochemistry of acetate in lake sedimentsVerena B. Heuer, Martin Krüger, Marcus Elvert and Kai-Uwe Hinrichs
Organic Geochemistry, Volume 41, Issue 1, January 2010, Pages 22-30, doi:10.1016/j.orggeochem.2009.07.004→湖堆積物の酢酸炭素同位体組成を用いた、生物地球化学プロセスの推定。TOCの炭素同位体組成より高い・同じくらい・低いの3パターンで、代謝プロセスが違うらしい。それぞれ、発酵、酢酸分解メタン発酵、酢酸生成。
【地下生物圏2】


☆Applied and Environmental Microbiology☆
Contribution of Microbial Activity to Carbon Chemistry in CloudsVaitilingom, Mickael, Amato, Pierre, Sancelme, Martine, Laj, Paolo, Leriche, Maud, Delort, Anne-Marie
Appl. Environ. Microbiol. 2010 76: 23-29; doi:10.1128/AEM.01127-09→大気中に多く存在する蟻酸、酢酸、酪酸、コハク酸の分解への、雲中微生物の寄与を培養実験で調べた。夜は微生物による分解がほとんどで(90-99%)、昼は光分解より少なくなる(2-37%)らしい。というか雲の中に微生物がいることを初めて知った。。。
【最新論文(生物系)】

2009年12月23日水曜日

科学ニュース(091214-091220)

Shaping US geology
Nature News, 18 December 2009
→アメリカ地質調査所(USGS)の新所長Marcia McNuttのインタビュー。初の女性所長。

2010 U.S. Budget: Congress Takes Care of Science In Quiet Finish to a Busy Year
Science News of the Week, 18 December 2009
→2010年度支出法案が米国連邦議会を平穏に通過。国立衛生研究所(NIH)の予算2.3%増、国立科学財団(NSF)の予算6.7%増など、科学関連機関の期待に応える内容。

France: Sarkozy's 'Grand Loan' Bets That Research Will Pay Off
Science News of the Week, 18 December 2009
→研究は採算が取れると請合うサルコジ大統領の「グランドローン」。12月14日、サルコジ大統領が350億ユーロの投資計画を発表。科学分野の生産性向上、国民高等教育の推進、経済競争力の強化、環境の浄化を公約。

Marine Sciences: U.S. Poised to Adopt National Ocean Policy
Science News Focus, 18 December 2009
→米国が国家海洋政策の採用へ。水産養殖や風力発電基地としての利用増加を受けて、米国初の海洋政策をホワイトハウスが協議中。

Geology: Burdened by Soviet Legacy, Nations Spar Over Water Rights
Science News Focus, 18 December 2009
→旧ソ連の負の遺産に悩む国家間で、水利権をめぐる争い。パミール山脈麓の平野部の農村では、淡水の獲得競争が激化。サレズ湖を水源にできれば解決するが…。

Geology: Peril in the Pamirs
Science News Focus, 18 December 2009
→タジキスタンの山間に地震で生じた世界一高い天然ダム「サレズ湖」。決壊回避のため、水位を下げる各種の方法が検討されている。

Enceladus plume is half ice
Nature News, 18 December 2009
→エンセラダスのプルームは、50%が氷で構成されているらしい。従来の予想は10-20%とかだった。地下の湖から噴出すとそうなるかも? American Geophysical Union (AGU) Fall Meetingで発表。

Chicken or Egg Question Looms Over Climate Debate
ScienceDaily (Dec. 18, 2009)
→雲の量と気温の因果関係(鶏卵問題)を切り離せないので、雲フィードバックの直接測定ができないのが、現在の気候モデルの問題点という話。American Geophysical Union (AGU) Fall Meetingで発表。

Extrasolar planets: Water world larger than Earth
Nature News & Views, 17 December 2009
→地球型惑星の探索は、地球の2.7倍の大きさの惑星の発見によって大きく進んだ。この惑星の質量とサイズは、水が豊富にある巨大地球型惑星について理論から予測される値にぴったり。Natureに論文。

Global change: Interglacial and future sea level
Nature News & Views, 17 December 2009
→確率論的方法を使ったモデリングとデータとを組み合わせて、いちばん最近の間氷期の海水準は現在のそれよりもずっと高かったことが示された。このことは、温暖化に対して、これから氷床がどんな応答をするかについての手がかりを与えてくれる。Natureに論文。

Bacteria Can Transform Minerals Electrically
ScienceNOW Daily News, 17 December 2009
→Shewanellaなるバクテリアが、鉱物中の鉄・マンガンを還元して鉱物を変質させる仕組みが明らかになった。deca-heme c-class cytochromesなる酵素を、鉱物に付着させるらしい。Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS)に論文。

Hope for Japan's key projects
Nature News, 15 December 2009
→日本の科学予算の復活折衝について。

First Super-Earths Discovered Orbiting Sun-Like Stars
ScienceDaily (Dec. 14, 2009)
→太陽に似た恒星で、スーパーアースサイズの系外惑星が周回しているのが、初めて発見された。Astrophysical Journalに論文。

Ancient DNA from Dirt, Not Fossilized Bones, Shows Late Survival of Woolly Mammoth and Other Ice Age Megafauna
ScienceDaily (Dec. 14, 2009)
→アラスカの永久凍土から、絶滅したマンモスや馬などの古代DNAが検出・復元された。Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS)に論文。

Exoplanet claim bites the dust
Nature News, 8 December 2009
→VB10に“発見”された系外惑星は、実際には存在しておらず、観測上のノイズ?

2009年12月17日木曜日

集めた論文の覚書 [微生物分析法] Literature Review [Analytical methods for microbial activities]

修士論文に関連して集めた、微生物分析法(特に同位体ラベル)の論文。

Single-Cell Ecophysiology of Microbes as Revealed by Raman Microspectroscopy or Secondary Ion Mass Spectrometry Imaging
Michael Wagner
Annual Review of Microbiology (2009) Vol. 63: 411-429, doi:10.1146/annurev.micro.091208.073233
→顕微ラマンとSIMSを用いた、微生物細胞ごとの安定同位体ラベル分析のレビュー。

A single-cell view on the ecophysiology of anaerobic phototrophic bacteria
Niculina Musat, Hannah Halm, Barbel Winterholler, Peter Hoppe, Sandro Peduzzi, Francois Hillion, Francois Horreard, Rudolf Amann, Bo B. Jorgensen and Marcel M. M. Kuypers
PNAS November 18, 2008 vol. 105 no. 46 17861-17866, doi: 10.1073/pnas.0809329105→HISH-SIMSによる種特異的1細胞レベルの炭素・窒素同位体ラベル取り込み評価法の開発と、嫌気光合成バクテリアへの応用。

Biogeochemical processes in the saline meromictic Lake Kaiike, Japan: implications from molecular isotopic evidences of photosynthetic pigments
Naohiko Ohkouchi, Yoji Nakajima, Hisatake Okada, Nanako O. Ogawa, Hisami Suga, Kazumasa Oguri and Hiroshi Kitazato
Environmental Microbiology (2005) Volume 7 Issue 7, Pages 1009 - 1016, doi:10.1111/j.1462-2920.2005.00772.x
→貝池の水中のバクテリオクロロフィルの化合物レベル炭素・窒素同位体組成などから、光合成細菌による生物地球化学循環を推定。

Stable-isotope probing of DNA: insights into the function of uncultivated microorganisms from isotopically labeled metagenomes
Michael W Friedrich
Current Opinion in Biotechnology (2006) Volume 17, Issue 1, February 2006, Pages 59-66, doi:10.1016/j.copbio.2005.12.003
→DNA-SIPのレビュー。

Unlocking the 'microbial black box' using RNA-based stable isotope probing technologiesAndrew S Whiteley, Mike Manefield and Tillmann Lueders
Current Opinion in Biotechnology (2006) Volume 17, Issue 1, February 2006, Pages 67-71, doi:10.1016/j.copbio.2005.11.002
→RNA-SIPのレビュー。

13C-Labelling of lipids to investigate microbial communities in the environment
Richard P Evershed, Zoe M Crossman, Ian D Bull, Hazel Mottram, Jennifer AJ Dungait, Peter J Maxfield and Emma L Brennand
Current Opinion in Biotechnology (2006) Volume 17, Issue 1, February 2006, Pages 72-82, doi:10.1016/j.copbio.2006.01.003
→脂質SIPのレビュー。

Linking microbial community structure with function: fluorescence in situ hybridization-microautoradiography and isotope arrays
Michael Wagner, Per H Nielsen, Alexander Loy, Jeppe L Nielsen and Holger Daims
Current Opinion in Biotechnology, Volume 17, Issue 1, February 2006, Pages 83-91, doi:10.1016/j.copbio.2005.12.006
→FISH-MARのレビュー。

DNA-based stable isotope probing: a link between community structure and function
Ondrej Uhlik, Katerina Jecna, Mary Beth Leigh, Martina Mackova and Tomas Macek
Science of The Total Environment (2009) Volume 407, Issue 12, 1 June 2009, Pages 3611-3619, doi:10.1016/j.scitotenv.2008.05.012
→DNA-SIPの2009年度版レビュー。

Comparison of methods for simultaneous identification of bacterial species and determination of metabolic activity by protein-based stable isotope probing (Protein-SIP) experiments
Nico Jehmlich, Frank Schmidt, Martin Taubert, Jana Seifert, Martin von Bergen, Hans-Hermann Richnow, Carsten Vogt
Rapid Communications in Mass Spectrometry (2009) Volume 23 Issue 12, Pages 1871 - 1878, DOI:10.1002/rcm.4084
→タンパク質-SIPの手法の比較。

Quantifying 3H-thymidine incorporation rates by a phylogenetically defined group of marine planktonic bacteria (Bacteriodetes phylum)
Benjamin A. S. Van Mooy, Allan H. Devol and Richard G. Keil
Environmental Microbiology (2004) Volume 6 Issue 10, Pages 1061 - 1069, doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00636.x
→SNAP-BACの開発。

Who eats what, where and when? Isotope-labelling experiments are coming of age
Josh D Neufeld, Michael Wagner and J Colin Murrell
The ISME Journal (2007) 1, 103?110; doi:10.1038/ismej.2007.30
→微生物細胞の同位体ラベルによる代謝活性測定法のレビュー。

Microbial community proteomics: elucidating the catalysts and metabolic mechanisms that drive the Earth's biogeochemical cycles
Paul Wilmes and Philip L Bond
Current Opinion in Microbiology, Volume 12, Issue 3, June 2009, Pages 310-317, doi:10.1016/j.mib.2009.03.004
→“メタ”微生物プロテオミクスのレビュー。

Anaerobic Oxidation of Methane: Progress with an Unknown Process
Katrin Knittel and Antje Boetius
Annual Review of Microbiology (2009) Vol. 63: 311-334, doi:10.1146/annurev.micro.61.080706.093130
→嫌気的メタン酸化の最新レビュー論文。

2009年12月16日水曜日

新しい論文(091207-091213)

☆Nature☆

Catastrophic flood of the Mediterranean after the Messinian salinity crisis
D. Garcia-Castellanos, F. Estrada, I. Jiménez-Munt, C. Gorini, M. Fernàndez, J. Vergés & R. De Vicente
Nature 462, 778-781 (10 December 2009) doi:10.1038/nature08555
→533万年前に大西洋に地中海に海水が大量に流入したイベント(Zanclean洪水)は、90%もの水が数ヶ月~2年間で流入するという破滅的な速度・規模だったらしい。最大で1日に10m以上の海水準上昇もあったらしい。
【最新論文(Nature, Science)】

Ecoenzymatic stoichiometry of microbial organic nutrient acquisition in soil and sediment
Robert L. Sinsabaugh, Brian H. Hill & Jennifer J. Follstad Shah
Nature 462, 795-798 (10 December 2009) doi:10.1038/nature08632
→陸域土壌や淡水堆積物で、従属栄養微生物の有機物分解酵素の活性を調べると、炭素:窒素:リンの分解活性が数桁にわたって1:1:1で一定だった。微生物の元素組成、有機物供給、栄養同化・成長の効率が平衡しているためらしい。極めて重要そうだが、イマイチよく分からないな。。。
【陸域生元素循環1】


☆Science☆

Meteorite Kr in Earth's Mantle Suggests a Late Accretionary Source for the Atmosphere
Greg Holland, Martin Cassidy, and Chris J. Ballentine
Science 11 December 2009: Vol. 326. no. 5959, pp. 1522 - 1525, DOI: 10.1126/science.1179518
→地球のマントル中に含まれる隕石起源の希ガス(クリプトン)は、後期の隕石由来でであることを示唆する。つまり地球形成時に生成したガス成分は、地球大気の進化にほとんど寄与していない。
【最新論文(Nature, Science)】

Evolution of Organic Aerosols in the Atmosphere
J. L. Jimenez, M. R. Canagaratna, N. M. Donahue, A. S. H. Prevot, Q. Zhang, J. H. Kroll, P. F. DeCarlo, J. D. Allan, H. Coe, N. L. Ng, A. C. Aiken, K. S. Docherty, I. M. Ulbrich, A. P. Grieshop, A. L. Robinson, J. Duplissy, J. D. Smith, K. R. Wilson, V. A. Lanz, C. Hueglin, Y. L. Sun, J. Tian, A. Laaksonen, T. Raatikainen, J. Rautiainen, P. Vaattovaara, M. Ehn, M. Kulmala, J. M. Tomlinson, D. R. Collins, M. J. Cubison, E., J. Dunlea, J. A. Huffman, T. B. Onasch, M. R. Alfarra, P. I. Williams, K. Bower, Y. Kondo, J. Schneider, F. Drewnick, S. Borrmann, S. Weimer, K. Demerjian, D. Salcedo, L. Cottrell, R. Griffin, A. Takami, T. Miyoshi, S. Hatakeyama, A. Shimono, J. Y Sun, Y. M. Zhang, K. Dzepina, J. R. Kimmel, D. Sueper, J. T. Jayne, S. C. Herndon, A. M. Trimborn, L. R. Williams, E. C. Wood, A. M. Middlebrook, C. E. Kolb, U. Baltensperger, and D. R. Worsnop
Science 11 December 2009: Vol. 326. no. 5959, pp. 1525 - 1529, DOI: 10.1126/science.1180353
→有機エアロゾルは、数時間~数日で劇的に変化し、含酸素有機エアロゾルに変質する。有機エアロゾルとその前駆体ガスの組成、揮発性、酸化度の測定をもとに、気候影響をより高精度で予測するためのモデルが提案された。
【最新論文(Nature, Science)】

A Complete Skeleton of a Late Triassic Saurischian and the Early Evolution of Dinosaurs
Sterling J. Nesbitt, Nathan D. Smith, Randall B. Irmis, Alan H. Turner, Alex Downs, and Mark A. Norell
Science 11 December 2009: Vol. 326. no. 5959, pp. 1530 – 1533, DOI: 10.1126/science.1180350
→非常に保存の良い後期三畳紀の獣脚類化石が米ニューメキシコ州で発見され(この数個体の化石には相似的な形質と派生的な形質がモザイク状に混在していた)、獣脚類が属する初期の竜盤類の進化の過程が明らかにされた。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Proceedings of the National Academy of Sciences☆

Tipping Elements in Earth Systems特集。

Tipping Elements in Earth Systems Special Feature: Tipping elements in the Earth System
Hans Joachim Schellnhuber
PNAS 2009 106:20561-20563; doi:10.1073/pnas.0911106106
→巻頭言。

Sensitivities of marine carbon fluxes to ocean change
Ulf Riebesell, Arne Körtzinger, and Andreas Oschlies
PNAS 2009 106:20602-20609; doi:10.1073/pnas.0813291106
→海洋の炭酸系や物理・生物ポンプが、地球温暖化・海洋酸性化にどう応答するかを評価。

Dust as a tipping element: The Bodélé Depression, Chad
Richard Washington, Christel Bouet, Guy Cautenet, Elisabeth Mackenzie, Ian Ashpole, Sebastian Engelstaedter, Gil Lizcano, Gideon M. Henderson, Kerstin Schepanski, and Ina Tegen
PNAS 2009 106:20564-20571; doi:10.1073/pnas.0711850106
→ダスト生成(今回は特にチャド)が、気候変動に伴い、増加する見込み。

Basic mechanism for abrupt monsoon transitions
Anders Levermann, Jacob Schewe, Vladimir Petoukhov, and Hermann Held
PNAS 2009 106:20572-20577; doi:10.1073/pnas.0901414106
→モンスーンシステムの急激な遷移のメカニズムについて。放射入力の閾値で挙動が変わるらしい。

El Niño/Southern Oscillation response to global warming
M. Latif and N. S. Keenlyside
PNAS 2009 106:20578-20583; doi:10.1073/pnas.0710860105
→地球温暖化に対するENSOの応答について。

On the stability of the Atlantic meridional overturning circulation
Matthias Hofmann and Stefan Rahmstorf
PNAS 2009 106:20584-20589; doi:10.1073/pnas.0909146106
→大西洋の南北逆転循環(AMOC)の安定性について。モデルの誤差によって閾値が消えるので、現在のモデルは、安定性を過大評価しているらしい。

The future of ice sheets and sea ice: Between reversible retreat and unstoppable loss
Dirk Notz
PNAS 2009 106:20590-20595; doi:10.1073/pnas.0902356106
→グリーンランドや南極とは違い、北極海海氷の夏季における融解には閾値がない?

Ocean methane hydrates as a slow tipping point in the global carbon cycle
David Archer, Bruce Buffett, and Victor Brovkin
PNAS 2009 106:20596-20601; doi:10.1073/pnas.0800885105
→地球温暖化によるメタンハイドレート崩壊の閾値とその影響を、モデル評価。

Exploring the likelihood and mechanism of a climate-change-induced dieback of the Amazon rainforest
Yadvinder Malhi, Luiz E. O. C. Aragão, David Galbraith, Chris Huntingford, Rosie Fisher, Przemyslaw Zelazowski, Stephen Sitch, Carol McSweeney, and Patrick Meir
PNAS 2009 106:20610-20615; doi:10.1073/pnas.0804619106
→気候変動による、アマゾン熱帯雨林の後退について。

Reducing abrupt climate change risk using the Montreal Protocol and other regulatory actions to complement cuts in CO2 emissions
Mario Molina, Durwood Zaelke, K. Madhava Sarma, Stephen O. Andersen, Veerabhadran Ramanathan, and Donald Kaniaru
PNAS 2009 106:20616-20621; doi:10.1073/pnas.0902568106
→モントリオール・プロトコルなどによるHFCsの削減などで、CO2排出削減の補助を行い、とりあえず今後数十年の急激な気候変動を避けようという話。


☆Analytical Chemistry☆

Direct Compound-Specific Stable Chlorine Isotope Analysis of Organic Compounds with Quadrupole GC/MS Using Standard Isotope Bracketing
Christoph Aeppli, Henry Holmstrand, Per Andersson and Orjan Gustafsson
Anal. Chem., Publication Date (Web): December 11, 2009, DOI: 10.1021/ac902445f
→四重極GC/MSを使って、有機分子の化合物レベル安定塩素同位体組成を簡単に測定する方法。繰り返し測定で精度を上げているようだ。TIMS測定の結果ともよく合うらしい。
【最新論文(化学系)】

2009年12月15日火曜日

科学ニュース(091207-091213)

Earth's Atmosphere Came from Outer Space, Scientists Find
ScienceDaily (Dec. 11, 2009)
→地球の揮発ガス成分をもたらしたのは、火山活動ではなく、後期重爆撃期に降り注いだ隕石だったらしい。火山ガスの希ガス(クリプトン)同位体組成から分かった。Scienceに論文。

Introns Nonsense DNA May Be More Important to Evolution of Genomes Than Thought
ScienceDaily (Dec. 10, 2009)
→不要なDNAと思われていたイントロンが、実はゲノム進化に重要らしい。ミジンコのゲノム解析から分かった。Scienceに論文。

Studying Hair of Ancient Peruvians Answers Questions About Stress
ScienceDaily (Dec. 9, 2009)
→6-16世紀のペルー人の遺髪を化学分析したところ、cortisolなるストレスホルモンが見つかり、ストレスにさらされていたことが分かった。そんなん残るんだなぁ…。Journal of Archaeological Scienceに論文。

Tipping Elements in the Earth System: How Stable Is the Contemporary Environment?
ScienceDaily (Dec. 8, 2009)
→地球システムのうち、人間活動によって閾値を越えて急変しようとしている構成要素(tipping elements)についての特集が、Proceedings of the National Academy of Scienceで組まれた。

Life on Mars Theory Boosted by New Methane Study
ScienceDaily (Dec. 8, 2009)
→火星大気のメタンの供給源は大きな謎だが、実験と計算によると、火星に降り注ぐ隕石由来ではなさそうらしい。火山噴火由来は既に否定されているので、火星土壌に住む微生物由来か、火山活動と水の相互作用による無機的生成のどちらかに可能性が絞られたらしい。Earth and Planetary Science Lettersに論文。

Absence of Evidence for a Meteorite Impact Event 13,000 Years Ago
ScienceDaily (Dec. 7, 2009)
→1万3千年前に急激な寒冷化が起きたYounger Dryasでは、隕石衝突は結局無かったらしい。Proceedings of the National Academy of Scienceに論文。

Earth More Sensitive to Carbon Dioxide Than Previously Thought
ScienceDaily (Dec. 7, 2009)
→大気中二酸化炭素に対する地球の気候感度は、長期では従来の推定より30-50%高いらしい。Plioceneの数値モデル計算とプロキシデータから推定した。Nature Geoscience電子版に論文。

How Dinoflagellates Protect Themselves During Photosynthesis
ScienceDaily (Nov. 30, 2009)
→渦鞭毛藻はperidininなるカロテノイド色素を使って、光合成の際の酸化ダメージを防いでいるらしい。クロロフィル、peridinin、他のカロテノイドの酵素内での配置構造が明らかになった。Proceedings of the National Academy of Scienceに論文。

2009年12月11日金曜日

【申込〆切延長】第8回ニューイヤースクール

第8回「地球システム・地球進化ニューイヤースクール」の
参加申込締切が12/15まで延長されました。
代々木の国立オリンピック記念青少年総合センターで、
2010年1月9-10日に開催されます。
皆様、ぜひぜひご参加ください。
詳細はこちら。参加登録はこちら

Websiteにアクセスできない時は、
earth21-nys8th AT m.aist.go.jp
(お手数ですが AT を@に替えてください)
にメールで連絡していただければ、申込みできます。
その際は、下記項目の情報を合わせてお知らせください。

=====申し込みフォーム(*は必須)=====

・名前*(例:田所雄介) :
・ふりがな(例:たどころゆうすけ):
・所属(例:東都大学地震研究所):
・学年・職名(学生はB4,M2,D3など半角英数字で記入) :
・連絡先のE-mail*(タイプミスにご注意下さい) :
・出身地*(グループワークの班分けに利用します) :
  1北海道  2東北  3関東(東京以外)  4東京  5中部  6近畿  7中国  8四国 9九州  0その他
・グループワークへ参加できない方:
  1. 9日不参加 2. 10日不参加 3. 9日10日ともに不参加
・earth21-mlへの登録:
  1登録済み 2希望する 3希望しない
・宿泊希望(12月15日まで)(性別や要望などをお書きください):宿泊を希望する 宿泊を希望しない
・アルバイト希望(12月15日まで):希望する 希望しない
・専門分野・研究してみたい分野(例:地震学) :
・NYS-VIIIに対するご意見:期待することや,取り上げて欲しいトピックなど :
・みんなで作る地球科学本棚
(NYS8では、参加型企画として、みなさんのオススメ地球科学本を集めています。 当日、ポスターで結果を発表するとともに、ウェブ本棚を作成予定です。ご協力お願いします。)
 本のタイトル:
 オススメの理由:

=====(フォームここまで)=====


<プログラム>(敬称略、タイトルは変更の可能性あり)
2010年1月9日(土)
10:00~ 受付開始
10:30~ 講演開始
【通常講義】
・惑星の水
杉田 精司 教授(東京大学大学院・新領域創成科学研究科・複雑理工学専攻)
「火星探査が明かす火星表層環境の初期進化」
・固体地球深部の水
鍵 裕之 准教授(東京大学大学院・理学系研究科・地殻化学実験施設)
「光と中性子で探る、地球深部物質中の水の正体」
・熱水と生命
浦辺 徹郎 教授(東京大学 大学院理学系研究科)
「(仮)化学地質学・鉱床学・海底熱水活動・微生物圏地圏相互作用」

【Ex レクチャー】 
須藤 斎 助教(名古屋大学大学院・環境学研究科)
「子供向けの本を書く ~わかりやすく研究を伝える~」
大木聖子 助教(東京大学・地震研究所・アウトリーチ推進室)
「地球科学研究者のLiberal Arts」

15:50~ グループワークによる議論
18:00~20:00 懇親会

1月10日(日)
09:00~ 講演開始
【通常レクチャー】
・水と災害
後藤 和久 助教(東北大学大学院・工学研究科・附属災害制御研究センター)
「沿岸巨礫群‐堆積学のラストフロンティアから挑む沿岸波浪災害‐」
・現代の海洋・大気循環
小橋 史明 准教授(東京海洋大学 海洋工学部)
「北太平洋の表層循環と大気海洋相互作用」
・過去の氷床・気候変動
川村 賢二 助教(国立極地研究所・研究教育系気水圏研究グループ)
「3kmのタイムカプセル:極域の氷床コアから気候変動のメカニズムを探る」

【Ex レクチャー】
萩谷 宏 准教授(東京都市大学 知識工学部 自然科学科 )
「自然科学科の立ち上げ -いまこそ博物学の時代をつくろう」
千葉達朗 氏(アジア航測株式会社プロジェクト推進室技師長 理事・フェロー)
「赤色立体地図とは~一枚で立体的に見える地形表現法の発想~」
泊 次郎 博士(東京大学・地震研究所・研究生)
「科学記者から地球科学史研究へ」

15:10~ グループワークによる議論
17:10 閉会挨拶

2009年12月7日月曜日

新しい論文(091130-091206)

☆Nature☆

Half-precessional dynamics of monsoon rainfall near the East African Equator
Dirk Verschuren, Jaap S. Sinninghe Damsté, Jasper Moernaut, Iris Kristen, Maarten Blaauw, Maureen Fagot, Gerald H. Haug & CHALLACEA project members
Nature 462, 637-641 (3 December 2009) doi:10.1038/nature08520
→赤道アフリカ東部のChalla湖堆積物で、地震波構造探査とバイオマーカーから、過去25,000年の気候を復元。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Science☆

Tracking the Variable North Atlantic Sink for Atmospheric CO2
Andrew J. Watson, Ute Schuster, Dorothee C. E. Bakker, Nicholas R. Bates, Antoine Corbiere, Melchor Gonzalez-Davila, Tobias Friedrich, Judith Hauck, Christoph Heinze, Truls Johannessen, Arne Kortzinger, Nicolas Metzl, Jon Olafsson, Are Olsen, Andreas Oschlies, X. Antonio Padin, Benjamin Pfeil, J. Magdalena Santana-Casiano, Tobias Steinhoff, Maciej Telszewski, Aida F. Rios, Douglas W. R. Wallace, and Rik Wanninkhof
Science 4 December 2009: Vol. 326. no. 5958, pp. 1391 - 1393, DOI: 10.1126/science.1177394
→観測機器を搭載した商船のネットワークを利用して、北大西洋の表層海水に吸収された二酸化炭素の量を測定した結果、海洋・大気間の二酸化炭素の流量に大きな年次変化が見られた。
【最新論文(Nature, Science)】

Coupling of CO2 and Ice Sheet Stability Over Major Climate Transitions of the Last 20 Million Years
Aradhna K. Tripati, Christopher D. Roberts, and Robert A. Eagle
Science 4 December 2009: Vol. 326. no. 5958, pp. 1394 - 1397, DOI: 10.1126/science.1178296
→海水準と大気中二酸化炭素濃度は、過去2000万年にわたり似たパターンで変動した。有孔虫のB/Ca比からpCO2推定。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Geology☆

How do prokaryotes survive in fluid inclusions in halite for 30 k.y.?
Brian A. Schubert, Tim K. Lowenstein, Michael N. Timofeeff and Matthew A. Parker
Geology December 2009 v. 37 no. 12 p. 1059-1062, doi: 10.1130/G30448A.1
→3万年前のhaliteの流体包有物から復活した好塩アーキアの生存戦略について。藻類の死骸から漏れ出てくる有機分子をエネルギー源にして生き延びていたらしい。
【最新論文(地球科学系)】


☆Chemical Geology☆

Ammonium-bearing clinopyroxene: A potential nitrogen reservoir in the Earth's mantle
Anke Watenphul, Bernd Wunder, Richard Wirth and Wilhelm Heinrich
Chemical Geology, Available online 6 December 2009, doi:10.1016/j.chemgeo.2009.12.003
→clinopyroxeneを高圧実験すると、アンモニアを500-1000ppm含有できるらしい。マントル中の窒素リザーバーとして重要?
【最新論文(地球科学系)】


☆Biogeosciences Discussions☆

Acidification increases microbial polysaccharide degradation in the ocean
J. Piontek, M. Lunau, N. Händel, C. Borchard, M. Wurst and A. Engel
Biogeosciences Discuss., 6, 11377-11400, 2009
→海洋酸性化すると、微生物によるポリ多糖の分解がより進むらしい。
【海洋生元素循環3】


☆Environmental Microbiology☆

Abundances of crenarchaeal amoA genes and transcripts in the Pacific Ocean
Matthew J. Church, Brenner Wai, David M. Karl and Edward F. DeLong
Environmental Microbiology, Published Online: 25 Nov 2009, DOI:10.1111/j.1462-2920.2009.02108.x
→海洋のCrenarchaeaのアンモニア酸化遺伝子(amoA)の存在量の発現量を中央太平洋で調べた。上層100mではCrenarchaeaは少ないが発現量は多く、深海ではCrenarchaeaは多いが発現量は低下していくらしい。
【最新論文(生物系)】

科学ニュース(091130-091206)

Undocumented Volcano Contributed to Extremely Cold Decade from 1810-1819
ScienceDaily (Dec. 5, 2009)
→1810-1819年の寒冷期の原因は、1815年のタンボラ火山に加えて、1809年の火山噴火? アイスコアに火山由来硫酸(硫黄同位体が違うらしい)を検出。Geophysical Research Lettersに論文。

First Direct Observation of a Planet-Like Object Orbiting Star Similar to Sun
ScienceDaily (Dec. 3, 2009)
→すばる望遠鏡が、太陽と同じくらいの質量の星の近くで系外惑星候補を直接撮像することに、世界で初めて成功した。Astrophysical Journal Lettersに論文。

New Study Adds to FInding of Ancient Life Signs In Mars Meteorite
SpaceRef.com, November 30, 2009
→火星隕石ALH84001の“微化石”的な鎖状マグネタイトは、無機的には生成されず、生物由来の可能性が高いとか? Geochimica et Cosmochimica Actaに論文。

Big Freeze Plunged Europe Into Ice Age in Months
ScienceDaily (Nov. 30, 2009)
→アイルランドの湖底堆積物を高解像度分析すると、Younger Dryasは数ヶ月~2年という短期間に急速に訪れたらしい。リアル“デイ・アフター・トゥモロー”? the European Science Foundation BOREAS conferenceで発表。

2009年12月1日火曜日

集めた論文の覚書 [水素酸化微生物] Literature Review [Hydrogen-oxidizing microbes]

H君に送ってもらった、温泉微生物論文(Kimura et al. 2009, EM)に関連して探してきた論文。

The complete genome of the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus
Gerard Deckert, Patrick V. Warren, Terry Gaasterland, William G. Young, Anna L. Lenox, David E. Graham, Ross Overbeek, Marjory A. Snead, Martin Keller, Monette Aujay, Robert Huber, Robert A. Feldman, Jay M. Short, Gary J. Olsen and Ronald V. Swanson
Nature 392, 353-358 (26 March 1998) doi:10.1038/32831
→超好熱性・好気水素酸化バクテリアAquifex aeolicusの完全ゲノム解読。

Use of Fe(III) as an Electron Acceptor To Recover Previously Uncultured Hyperthermophiles: Isolation and Characterization of Geothermobacterium ferrireducens gen. nov., sp. nov.
Kazem Kashefi, Dawn E. Holmes, Anna-Louise Reysenbach and Derek R. Lovley
Applied and Environmental Microbiology, April 2002, p. 1735-1742, Vol. 68, No. 4, DOI: 10.1128/AEM.68.4.1735-1742.2002
→超好熱性・水素酸化-鉄還元バクテリアGeothermobacterium ferrireducensの単離と性質同定。

Hydrogen isotope fractionation during H2/CO2 acetogenesis: hydrogen utilization efficiency and the origin of lipid-bound hydrogen
D. L. Valentine, A. L. Sessions, S. C. Tyler and A. Chidthaisong
Geobiology, Volume 2 Issue 3, Pages 179 - 188, Published Online: 29 Sep 2004, DOI:10.1111/j.1472-4677.2004.00030.x
→水素/二酸化炭素から嫌気的酢酸生成を行うバクテリアSporomusa sp.の水素代謝を調べるため、水素ガス、水、脂肪酸の水素同位体比を分析。脂肪酸と水の水素同位体比は非常によく相関。脂肪酸の水素は水から来ている? 水と同位体平衡になった水素からも来ている? また、脂肪酸の水素同位体比は他の生物に比べて格別低い。

Hydrogen isotopic fractionation in lipid biosynthesis by H2-consuming Desulfobacterium autotrophicumBrian J. Campbell, Chao Li, Alex L. Sessions and David L. Valentine
Geochimica et Cosmochimica Acta, Volume 73, Issue 10, 15 May 2009, Pages 2744-2757, doi:10.1016/j.gca.2009.02.034
→硫酸還元-水素酸化バクテリアDesulfobacterium autotrophicumの脂質生合成における水素同位体分別を調べた。Sporomusa sp.ほどではないが、光合成生物などと比べると、やはり大きな同位体分別。水素ガスは脂肪酸の水素としては入ってきていないらしい。

集めた論文の覚書 [メタン生成アーキア&補酵素] Literature Review [Methanogenic archaea & coenzymes]

メタン生成アーキアおよび、その補酵素F430とF420に注目して集めた論文。

Methanogenesis in Marine SedimentsJames G. Ferry and Daniel J. Lessner
Annals of the New York Academy of Sciences (2008) Volume 1125, Pages 147 - 157, DOI:10.1196/annals.1419.007
→海底堆積物において酢酸や一酸化炭素からメタン生成する海洋アーキア(Methanosarcina acetivorans)について。淡水アーキアの代謝経路とはだいぶ違うらしい。

Methanogenic archaea: ecologically relevant differences in energy conservationRudolf K. Thauer, Anne-Kristin Kaster, Henning Seedorf, Wolfgang Buckel & Reiner Hedderich
Nature Reviews Microbiology 6, 579-591 (August 2008) doi:10.1038/nrmicro1931
→メタン生成アーキアのレビュー。

Nitrogen fixation in methanogens: the archaeal perspectiveJA Leigh
Current issues in molecular biology (2000) 2(4): 125-131.
→メタン生成アーキアによる窒素固定のレビュー。

Comparison of Methane Production Rate and Coenzyme F420 Content of Methanogenic Consortia in Anaerobic Granular Sludge
Jan Dolfing and Jan-Willem Mulder
Appl Environ Microbiol. 1985 May; 49(5): 1142-1145
→様々な基質でのメタン生成アーキアで、メタン生成活性とF420の量を比較。酢酸からのメタン生成では、F420が少ない。

Isolation and Properties of a Fluorescent Compound, Factor420, from Methanobacterium Strain M.o.H
P. Cheeseman, A. Toms-Wood and R. S. Wolfe
J Bacteriol. 1972 October; 112(1): 527-531
→F420の初期の研究。まだこの時点では構造不明。菌体の1万分の1ものF420が回収できる。

Changes in concentrations of coenzyme F420 analogs during batch growth of Methanosarcina barkeri and Methanosarcina mazeiM W Peck
Appl Environ Microbiol. 1989 April; 55(4): 940-945
→HPLCによってF420アナログ(F420-2~5)を分離。

Steady-State and Time-Resolved Spectroscopy of F420 Extracted from Methanogen Cells and Its Utility as a Marker for Fecal Contamination
Kyle D. Ashby, Thomas A. Casey, Mark A. Rasmussen, and, Jacob W. Petrich,
Journal of Agricultural and Food Chemistry 2001 49 (3), 1123-1127
→イオン交換カラムでF420を分離。

Methyl-coenzyme M reductase and the anaerobic oxidation of methane in methanotrophic Archaea
Seigo Shima and Rudolf K Thauer
Current Opinion in Microbiology, Volume 8, Issue 6, December 2005, Pages 643-648, DOI:doi:10.1016/j.mib.2005.10.002
→嫌気的メタン酸化アーキアが持つメチル-補酵素M還元酵素(MCR)についてレビュー。F430の変形版を持つらしい。

A conspicuous nickel protein in microbial mats that oxidize methane anaerobicallyMartin Krüger, Anke Meyerdierks, Frank Oliver Glöckner, Rudolf Amann, Friedrich Widdel, Michael Kube, Richard Reinhardt, Jörg Kahnt, Reinhard Böcher, Rudolf K. Thauer and Seigo Shima
Nature 426, 878-881 (18 December 2003) doi:10.1038/nature02207doi:10.1038/nature02207
→AOMが起きている黒海の微生物マットに、大量のF430アナログ。

Reverse Methanogenesis: Testing the Hypothesis with Environmental Genomics
Steven J. Hallam, Nik Putnam, Christina M. Preston, John C. Detter, Daniel Rokhsar, Paul M. Richardson, Edward F. DeLong1
Science 3 September 2004: Vol. 305. no. 5689, pp. 1457 - 1462, DOI: 10.1126/science.1100025
→嫌気的メタン酸化アーキアのメタゲノムから、代謝経路を推定。「メタン生成代謝の逆回し」説を支持。F420も使うらしい。うーむ。

Structure of an F430 Variant from Archaea Associated with Anaerobic Oxidation of MethaneStefan Mayr, Christopher Latkoczy, Martin Krger, Detlef Gnther, Seigo Shima, Rudolf K. Thauer, Friedrich Widdel, Bernhard Jaun
Journal of the American Chemical Society 2008 130 (32), 10758-10767
→AOMアーキアが持つF430アナログの構造決定。硫黄が入っている。

Biosynthesis of coenzyme F430 in methanogenic bacteria: Identification of 15,173-seco-F430-173-acid as an intermediateAndreas PFALTZ, André KOBELT, Rudolf HÜSTER, Rudolf K. THAUER
European Journal of Biochemistry (1987) Volume 170 Issue 1-2, Pages 459 - 467, DOI:10.1111/j.1432-1033.1987.tb13722.x
→メタン生成アーキアによるF430生合成における中間代謝物の同定。

The archaeal cofactor F0 is a light-harvesting antenna chromophore in eukaryotesAndreas F. Glas, Melanie J. Maul, Max Cryle, Thomas R. M. Barends, Sabine Schneider, Emine Kaya, Ilme Schlichting, and Thomas Carell
PNAS 2009 106:11540-11545; doi:10.1073/pnas.0812665106
→F420アナログのF0が、真核生物(ハエ、藻類)でも機能していることが分かった。うーむ。

Heme Biosynthesis in Methanosarcina barkeri via a Pathway Involving Two Methylation ReactionsBärbel Buchenau, Jörg Kahnt, Ilka U. Heinemann, Dieter Jahn, and Rudolf K. Thauer
J Bacteriol. 2006 December; 188(24): 8666–8668. Published online 2006 October 6. doi: 10.1128/JB.01349-06.→メタン生成アーキアMethanosarcina barkeriにおけるヘム生合成代謝系。

新しい論文(091123-091129)

☆Nature☆

Increase in Agulhas leakage due to poleward shift of Southern Hemisphere westerlies
A. Biastoch, C. W. Böning, F. U. Schwarzkopf & J. R. E. Lutjeharms
Nature 462, 495-498 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08519
→アガラス・リーケージによるインド洋水塊の南大西洋への輸送が、風の強制の変動に応答して過去数十年間に増加しているらしい。南大西洋の水温躍層水塊で観測された塩分濃度の増加の一因。MOCの将来の変化に影響する可能性あり。
【最新論文(Nature, Science)】

Host plant genome overcomes the lack of a bacterial gene for symbiotic nitrogen fixation
Tsuneo Hakoyama, Kaori Niimi, Hirokazu Watanabe, Ryohei Tabata, Junichi Matsubara, Shusei Sato, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata, Li Jichun, Tsuyoshi Matsumoto, Kazuyuki Tatsumi, Mika Nomura, Shigeyuki Tajima, Masumi Ishizaka, Koji Yano, Haruko Imaizumi-Anraku, Masayoshi Kawaguchi, Hiroshi Kouchi & Norio Suganuma
Nature 462, 514-517 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08594
→内部共生細菌の窒素固定系には、宿主植物細胞由来のホモクエン酸が必須らしい。共生窒素固定におけるマメ科植物と根粒菌との相補的で不可欠な協力関係の分子基盤が分かってきた。
【最新論文(Nature, Science)】

An ancient light-harvesting protein is critical for the regulation of algal photosynthesis
Graham Peers, Thuy B. Truong, Elisabeth Ostendorf, Andreas Busch, Dafna Elrad, Arthur R. Grossman, Michael Hippler & Krishna K. Niyogi
Nature 462, 518-521 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08587
→真核藻類の酸化損傷防御装置を調べると、陸上植物とは異なったタンパク質を用いて有害な余剰光エネルギーを消失させ、光合成装置を損傷から守っていることが分かった。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Science☆

Climate-Driven Basin-Scale Decadal Oscillations of Oceanic Phytoplankton
Elodie Martinez, David Antoine, Fabrizio D’Ortenzio, and Bernard Gentili
Science 27 November 2009: Vol. 326. no. 5957, pp. 1253 – 1256, DOI: 10.1126/science.1177012
→衛星データによると、海洋上層の植物プランクトン(クロロフィル)が、海盆スケールで、海面水温の10年規模変動に影響されている。
【最新論文(Nature, Science)】

Global Signatures and Dynamical Origins of the Little Ice Age and Medieval Climate Anomaly
Michael E. Mann, Zhihua Zhang, Scott Rutherford, Raymond S. Bradley, Malcolm K. Hughes, Drew Shindell, Caspar Ammann, Greg Faluvegi, and Fenbiao Ni
Science 27 November 2009: Vol. 326. no. 5957, pp. 1256 - 1260, DOI: 10.1126/science.1177303
→過去1500年間の気温変動の空間的分布を、プロキシネットワークから復元。中世温暖期や小氷期は、自然気候強制力に対して、エルニーニョや北大西洋振動のような大規模な過程を経て現れた、気候システムの力学的応答らしい。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Organic Geochemistry☆

δ13C-δD distribution of lipid biomarkers in a bacterial mat from a hot spring in Miyagi Prefecture, NE Japan
Hiroshi Naraoka, Tomoko Uehara, Satoshi Hanada and Takeshi Kakegawa
Organic Geochemistry (2009), Available online 26 November 2009, doi:10.1016/j.orggeochem.2009.11.008
→宮城県の温泉微生物マットで脂質の炭素・水素同位体組成分析。C16:1脂肪酸とC20:1脂肪酸で、値が大きく違い、各微生物の代謝経路を反映?
【熱水系1】


☆Biogeosciences☆

Nitrogen uptake and regeneration pathways in the equatorial Pacific: a basin scale modeling study
X. J. Wang, R. Murtugudde and R. Le Borgne
Biogeosciences, 6, 2647-2660, 2009
→赤道太平洋で硝酸・アンモニアの同化・無機化過程の数値モデル。栄養塩の空間分布をうまく再現できたらしい。動物プランクトンによるアンモニア排出が、貧栄養海域有光層における重要な窒素源となっている。
【最新論文(地球科学系)】


☆The ISME Journal☆

Polymerase chain reaction primers miss half of rRNA microbial diversity
SunHee Hong, John Bunge, Chesley Leslin, Sunok Jeon and Slava S Epstein
The ISME Journal (2009) 3, 1365–1373; doi:10.1038/ismej.2009.89
→PCRプライマーやDNA抽出のバイアスがあるため、単一のPCRプライマーとDNA抽出法の組み合わせだと、rRNAの多様性の半分を検出できていないらしい。様々なプライマー・抽出手法を組み合わせるとバイアスは減るが、それでもまだ検出できていない微生物がいそう。
【最新論文(生物系)】

Microbial community structure in the North Pacific ocean
Mark V Brown, Gayle K Philip, John A Bunge, Matthew C Smith, Andrew Bissett, Federico M Lauro, Jed A Fuhrman and Stuart P Donachie
The ISME Journal (2009) 3, 1374–1386; doi:10.1038/ismej.2009.86
→北太平洋ALOHAでribosomal tag pyrosequencingで、微生物群集組成を調べた。従来研究よりも真核微生物の多様性がほぼ1桁多く推定されたらしい。微生物ループとかに重要?
【最新論文(生物系)】

Abundant transposases encoded by the metagenome of a hydrothermal chimney biofilm
William J Brazelton1 and John A Baross
The ISME Journal (2009) 3, 1420–1424; doi:10.1038/ismej.2009.79
→Lost City熱水噴出孔の微生物マットでメタゲノム解析すると、遺伝子水平伝播に関係する酵素遺伝子が大量に含まれていた。しかも16S rRNAよりも多様性が高い。種としての多様性が低くても、水平伝播を活用して、発現型として多様性が高くなる?
【最新論文(生物系)】


☆Trends in Microbiology☆

New dimensions of the virus world discovered through metagenomics
David M. Kristensen, Arcady R. Mushegian, Valerian V. Dolja and Eugene V. Koonin
Trends in Microbiology, Available online 26 November 2009, DOI:doi:10.1016/j.tim.2009.11.003
→ウイルスのメタゲノムのレビュー。
【ウイルス1】

科学ニュース(091123-091129)

Scientists Explain Puzzling Lake Asymmetry on Titan
ScienceDaily (Nov. 29, 2009)
→タイタンの炭化水素湖の分布の非対称性は、軌道強制力(地球で言うところのミランコビッチサイクル)のせいらしい。カッシーニのデータ解析から明らかになった。へー。Nature Geoscienceに論文。

Microbiology: Variety—the Splice of Life—in Microbial Communities
Science Perspectives, 27 November 2009
→バクテリアやアーキアは、ウイルスの遺伝子の破片をゲノムに取り込むことで、群集内でも個体ごとにゲノムが異なる。破片取り込みによって、ウイルス感染に対抗しているらしい?

Single-celled life does a lot with very little
Nature News, 26 November 2009
→バクテリア(Mycoplasma pneumoniae)のプロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームが、3本並んでScienceに掲載。タンパク質をコードしてる遺伝子は689個しかないのに、色んな代謝を行っているらしい。

Democratic fallacy
Nature Editorials, November 25 2009
→科学技術予算に対する事業仕分けについての、Nature誌の社説。fallacy=誤った議論、詭弁。

Oceans Absorbing Carbon Dioxide More Slowly, Scientist Finds
ScienceDaily (Nov. 24, 2009)
→全球平均気温と大気中二酸化炭素濃度のラグが、20年前の5カ月から現在は15カ月に伸びたらしい。つまり、海洋による二酸化炭素吸収が遅くなっている。Geophysical Research Lettersに論文。

Aquatic Bacteria: Possible Markers for Monitoring Arctic Climate Change
ScienceDaily (Nov. 24, 2009)
→北極圏の大河川で、バクテリアの群集組成は気候変動を反映して変動しているらしい。気候変動のマーカーになる? PNAS電子版に論文。

Climate Modeling May Have Missed Something: Aquatic Creatures Mix Ocean Water by Swimming
ScienceDaily (Nov. 23, 2009)
→生物が海洋をかき回す効果(以前に測定結果がNatureに出ていた)を、海洋・気候モデルに組み込んだ。the 62nd Annual Meeting of the American Physical Society's (APS) Division of Fluid Dynamicsで発表。

Extensive Valley Network on Mars Adds to Evidence for Ancient Martian Ocean
ScienceDaily (Nov. 23, 2009)
→火星のバレーネットワークの全球地図を描くと、従来考えられていたよりも2倍以上密らしい。昔に海があった説を支持。バレーネットワークを研究していた某氏は大丈夫だろうか…。Journal of Geophysical Research - Planetsに論文。