Fossils From Animals And Plants Are Not Necessary For Crude Oil And Natural Gas, Swedish Researchers Find
ScienceDaily (Sep. 12, 2009)
→上部マントルの温度圧力条件で、メタンからエタンやプロパンなどの炭化水素が無生物的に合成された。化石が無くても「化石燃料」はできるということで、石油無機起源説を指示。Nature Geoscienceに論文。
Cash crisis could ground NASA rocket
Nature News, 8 September 2009
→アメリカの予算が苦しくて、NASAのロケットへの予算が危ないらしい。
「かぐや」、月の地質学に一石を投じる
Astro Arts, 2009年9月11日
→月周回衛星「かぐや」が、69個の月面クレーターを調べ、月の高地の地殻に、純度の高い斜長岩が分布していることを明らかにした。Natureに論文。
Tests Show Moon Not Quite as Strange as Some Physicists Had Hoped
Science News, 11 September 2009
→strangretsなる怪しい原子が、月の土壌にあるとかないとかに、物理学者の人たちが注目しているらしい。最近の結果では、なさそう。Physical Review Lettersに論文。
Surprise In Earth's Upper Atmosphere: Mode Of Energy Transfer From The Solar Wind
ScienceDaily (Sep. 11, 2009)
→太陽風から地球磁場にエネルギーを伝達する、新しいモードが見つかったらしい。Journal of Geophysical Researchに論文。
Global Warming Causes Outbreak Of Rare Algae Associated With Corals, Study Finds
ScienceDaily (Sep. 9, 2009)
→カリブ海では、温暖化の影響でSSTが上昇した結果、従来まれだったサンゴ共生藻が出現したらしい。SST変化に対して強い？ Proceedings of the Royal Society Bに論文。
Suffocating Seas: Clues About Timing And Causes Of Oxygen-free Event In Cretaceous Ocean
ScienceDaily (Sep. 10, 2009)
→白亜紀OAEの話。ドイツのグループが、フランスで180mの堆積物コアを掘削したらしい。
New Robot Travels Across The Seafloor To Monitor The Impact Of Climate Change On Deep-sea Ecosystems
ScienceDaily (Sep. 10, 2009)
→海底を探査する、新しいROVの話。ハイパードルフィンみたいな感じか？
Chromium isotopes track oxygen's rise
Nature News, 9 September 2009
Early Earth: Oxygen for heavy-metal fans
Nature News & Views, 9 September 2009
Ancient Oceans Offer New Insight Into Origins Of Animal Life
ScienceDaily (Sep. 10, 2009)
→クロムの同位体組成から、過去の大気酸素濃度を復元。2.8-2.6Gaに上昇して、1.9GaにはまたGOE以前ぐらいに下がったらしい。酸素の話は、またややこしくなりそうだ。。。 Natureに論文。
The Academy's Journal Becomes Less Friendly to the Academy Members
ScienceIncider, September 9, 2009
→PNASが投稿ルールを変えて、来年の7月1日から、いわゆる「communicated by」は無くすらしい。しかし「direct submission」だけにするわけでもなく、「contributed by」は残るようだ。
2009年9月10日木曜日
2009年9月6日日曜日
新しい論文（090831-090906）
☆Nature☆
Early-warning signals for critical transitions
Marten Scheffe, Jordi Bascompte, William A. Brock, Victor Brovkin, Stephen R. Carpenter, Vasilis Dakos, Hermann Held, Egbert H. van Nes, Max Rietkerk & George Sugihara
Nature, 461, 53-59 (3 September 2009) doi:10.1038/nature08227
→複雑系における臨界遷移で、新しい状態に向かって急激な変化が起きるときには、先に「警告」が出るという話。気候も例の一つに挙げられていて、最終氷期から完新世に移る際のヤンガー・ドライアスが、その「警告」らしい。他にも、生態学や経済学、生理学でも見られるらしい。
【最新論文（Nature, Science）】
Denitrification as the dominant nitrogen loss process in the Arabian Sea
B. B. Ward, A. H. Devol, J. J. Rich, B. X. Chang, S. E. Bulow, Hema Naik, Anil Pratihary & A. Jayakumar
Nature 461, 78-81 (3 Sep 2009), doi:10.1038/nature08276
→無機窒素栄養塩をN2ガスにして放出する作用は、かつては脱窒だけが知られていたが、ここ10年くらいは嫌気的アンモニア酸化（アナモックス）が実は重要だと盛り上がり、脱窒は重要でないともされてきた。しかし、アラビア海で両者の速度を15Nラベル実験で測定すると、脱窒がメインだった。南東熱帯太平洋では逆に、アナモックスがメイン。海域によって違うらしい。少なくともアラビア海では脱窒が重要で、つまりは全球的にも重要。News & Viewsに解説。
【海洋生元素循環2】
☆Science☆
Reassessing the Source of Long-Period Comets
Nathan A. Kaib and Thomas Quinn
Science (4 September 2009) 325(5945) 1234-1236, DOI: 10.1126/science.1172676
→数値シミュレーションにより、オールトの雲の内部が地球軌道を横切る長周期彗星の主要な起源であることが示された。後期Eoceneの大量絶滅は、こうした彗星の“大量爆撃”が原因かも？ Perspectivesに解説。
【最新論文（Nature, Science）】
Recent Warming Reverses Long-Term Arctic Cooling
Darrell S. Kaufman, David P. Schneider, Nicholas P. McKay, Caspar M. Ammann, Raymond S. Bradley, Keith R. Briffa, Gifford H. Miller, Bette L. Otto-Bliesner, Jonathan T. Overpeck, Bo M. Vinther, Arctic Lakes 2k Project Members
Science (4 September 2009) 325 (5945) 1236-1239, DOI: 10.1126/science.1173983
→北緯60度以北の気温の代替記録（湖底堆積物、氷床コア、樹木年輪）を統合した結果、過去2000年にわたる北極の寒冷化傾向（軌道要素変動によるらしい）が、20世紀の間に逆転していた。
【最新論文（Nature, Science）】
☆Proceedings of the National Academy of Sciences☆
Nonlinear electrophoretic response yields a unique parameter for separation of biomolecules
Joel Pel, David Broemeling, Laura Mai, Hau-Ling Poon, Giorgia Tropini, René L. Warren, Robert A. Holt, and Andre Marziali
PNAS, 1 Sep 2009, 106:14796-14801, doi:10.1073/pnas.0907402106
→非線形な電気泳動応答を利用して、DNAなど有機分子を分離する手法の開発。環境中からDNAを分離することは、フミン酸などがコンタミしてきて、従来なかなか難しかったらしい。例として、オイルサンドからDNAを抽出。
【核酸分析法1】
☆Nature Geoscience☆
Nitrification driven by bacteria and not archaea in nitrogen-rich grassland soils
H. J. Di, K. C. Cameron, J. P. Shen, C. S. Winefield, M. O'Callaghan, S. Bowatte & J. Z. He
Nature Geoscience (2009) 2(9), 621-624, doi:10.1038/ngeo613
→アンモニア酸化を環境中で担っているのは、アーキアかバクテリアか？ 窒素に富む草原土壌＠ニュージーランドで、アンモニア酸化の遺伝子量と活性を調べたところ、アンモニア酸化は主にバクテリアによって駆動されていることが示唆された。最近、アンモニア酸化アーキアの地位が下降気味のような気がする。やっぱり従属栄養？
【陸域生元素循環1】
The impact of remineralization depth on the air–sea carbon balance
Eun Young Kwon, François Primeau & Jorge L. Sarmiento
Nature Geoscience (2009) 2(9), 630-635, doi:10.1038/ngeo612
→3次元海洋生物地球化学モデルを使って、海洋で沈降する粒子状有機物（POC）が消費されてCO2に戻る「再無機化深度」の変動が、大気中CO2濃度に大きく影響することが示された。例えば24m深くなるだけで、10-27ppmの減少。将来のCO2濃度や、氷期間氷期サイクルのCO2濃度問題を考える上で、かなり重要そうだ。News & Viewsに解説。
【気候と生元素循環1】
The contribution of manure and fertilizer nitrogen to atmospheric nitrous oxide since 1860
Eric A. Davidson
Nature Geoscience (2009) 2(9), 659-662, doi:10.1038/ngeo608
→亜酸化窒素（N2O）が産業革命後に増加した分に対する、堆肥と合成肥料からの寄与をそれぞれ計算して推定。それぞれに含まれる窒素のうち2.0%、2.5%がAD1860-2005にN2Oとして放出されたらしい。堆肥が意外と（？）重要。
【最新論文（地球科学系）】
☆Geology☆
Molecular fossils reveal fluid composition and flow intensity at a Cretaceous seep
Jörn Peckmann, Daniel Birgel, and Steffen Kiel
Geology September 2009, 37, 847-850, doi:10.1130/G25658A.1
→白亜紀の冷湧水地層（腕足類化学合成群集が卓越）＠ウクライナで、バイオマーカーとその炭素同位体組成分析により当時の微生物群集構造を推定し、当時の流体のメタン濃度・寿命を推定。しかし、クロマトを見るとかなりぐちゃぐちゃの部分もあるので、炭素同位体がやや怪しい気がする…。
【化学合成群集2】
☆Earth and Planetary Science Letters☆
Insights into the formation of Fe- and Mg-rich aqueous solutions on early Mars provided by the ALH 84001 carbonates
Paul B. Niles, Mikhail Yu. Zolotov and Laurie A. Leshin
Earth and Planetary Science Letters, Available online 19 August 2009, doi:10.1016/j.epsl.2009.06.039
→火星隕石ALH84001（昔“微化石”で物議を醸した）の組成を分析すると、生物が生存可能な条件で形成されたことが分かった。FeとMgに富んだ水によって、100℃以下の低温、pH5-7で形成されたらしい。
【最新論文（地球科学系）】
☆Organic Geochemistry☆
Raman spectroscopy and biomarker analysis reveal multiple carbon inputs to a Precambrian glacial sediment
Alison Olcott Marshall, Frank A. Corsetti, Alex L. Sessions, Craig P. Marshall
Organic Geochemistry, Article in Press, Accepted Manuscript, Available online 29 August 2009, doi: 10.1016/j.orggeochem.2009.08.006
→プレカンの氷河性堆積物では、砕屑性陸源有機物と海洋有機物の区別が難しかったが（顕生代では同位体比が違うなどでまだ区別しやすい）、ラマン分光とバイオマーカー分析を組み合わせて、区別を可能にした。
【先カンブリア紀2】
☆Marine Chemistry☆
Methane sources in gas hydrate-bearing cold seeps: Evidence from radiocarbon and stable isotopes
J.W. Pohlman, J.E. Bauer, E.A. Canuel, K.S. Grabowski, D.L. Knies, C.S. Mitchell, M.J. Whiticar, R.B. Coffin
Marine Chemistry, 115(1-2), 102-109, doi:10.1016/j.marchem.2009.07.001
→世界各地の冷湧水のガスハイドレートに含まれるメタンの14C濃度・d13C・dDを測定し、起源を推定。1-2%とわずかながら、non-fossilな炭素が含まれており、浅層堆積物でのメタン生成
【化学合成群集2】
☆Biogeoscience☆
Influence of elevated CO2 concentrations on cell division and nitrogen fixation rates in the bloom-forming cyanobacterium Nodularia spumigena
J. Czerny, J. Barcelos e Ramos, and U. Riebesell
Biogeosciences, 6, 1865-1875, 2009.
→CO2濃度の上昇が、シアノバクテリア（Nodularia）の細胞分裂速度・窒素固定速度に与える影響を調べた。この種ではどちらの速度も落ち、活発化するTrichodesmiumとは対照的。Heterocystを作るか作らないかで、応答が違う？
【最新論文（生物系）】
☆Rapid Communications in Mass Spectrometry☆
Development of an advanced on-line position-specific stable carbon isotope system and application to methyl tert-butyl ether
Caroline Gauchotte, Gwen O'Sullivan, Simon Davis, Robert M. Kalin
Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009; 23: 3183–3193, DOI: 10.1002/rcm.4222
→分子内炭素同位体組成をオンラインで測定するシステムの開発。熱分解の温度や反応時間を調節できるようにして、熱分解の際の同位体分別をレイリープロットで計算できるようにした。メチル－t－ブチルエーテルを例に。
【最新論文（化学系）】
☆Journal of Chromatography A☆
Evidence of 13C non-covalent isotope effects obtained by quantitative 13C nuclear magnetic resonance spectroscopy at natural abundance during normal phase liquid chromatography
Eliot P. Botosoa, Virginie Silvestre, Richard J. Robins, Jose Manuel Moreno Rojas, Claude Guillou and Gérald S. Remaud
Journal of Chromatography A, Article in Press, Accepted Manuscript, Available online 31 August 2009, doi:10.1016/j.chroma.2009.08.066
→順相液体クロマトグラフィーにおける、13Cの分子内同位体分別を、13C-NMRで測定。
【最新論文（化学系）】
☆Applied and Environmental Microbiology☆
Inorganic and Organic Nitrogen Use by Synechococcus and Diatoms on the West Florida Shelf Measured Using Stable Isotope Probing
Boris Wawrik, Amy V. Callaghan, and Deborah A. Bronk
Appl. Environ. Microbiol., published online ahead of print on 4 September 2009, doi:10.1128/AEM.01002-09
→シアノバクテリア（Synechococcus）と珪藻に対して、様々な窒素基質（硝酸、アンモニア、尿素、アミノ酸）で15N-SIP。Synechococcusはアミノ酸の取り込みがあったが、珪藻にはなし。
【海洋生元素循環2】
☆Environmental Microbiology☆
Phylogenetic diversity of transition and anoxic zone bacterial communities within a near-shore anoxic basin: Nitinat Lake
Jana Schmidtova, Steven J. Hallam and Susan A. Baldwin
Environmental Microbiology, Published Online: 3 Sep 2009, 10.1111/j.1462-2920.2009.02044.x
→水深200mの無酸素フィヨルド（水深15mで硫化物）の微生物群集相解析。硫黄酸化細菌が多く、硫酸還元菌はほとんどいない。硫黄循環が主要なプロセスになっている。
【最新論文（生物系）】
☆FEMS Microbiology Letters☆
Next generation sequencing of microbial transcriptomes: challenges and opportunities
Arnoud H.M. van Vliet
FEMS Microbiology Letters, Published Online: 21 Aug 2009, 10.1111/j.1574-6968.2009.01767.x
→次世代の高速配列解析技術を用いた、微生物トランスクリプトームについてのレビュー。
【最新論文（生物系）】
Early-warning signals for critical transitions
Marten Scheffe, Jordi Bascompte, William A. Brock, Victor Brovkin, Stephen R. Carpenter, Vasilis Dakos, Hermann Held, Egbert H. van Nes, Max Rietkerk & George Sugihara
Nature, 461, 53-59 (3 September 2009) doi:10.1038/nature08227
→複雑系における臨界遷移で、新しい状態に向かって急激な変化が起きるときには、先に「警告」が出るという話。気候も例の一つに挙げられていて、最終氷期から完新世に移る際のヤンガー・ドライアスが、その「警告」らしい。他にも、生態学や経済学、生理学でも見られるらしい。
【最新論文（Nature, Science）】
Denitrification as the dominant nitrogen loss process in the Arabian Sea
B. B. Ward, A. H. Devol, J. J. Rich, B. X. Chang, S. E. Bulow, Hema Naik, Anil Pratihary & A. Jayakumar
Nature 461, 78-81 (3 Sep 2009), doi:10.1038/nature08276
→無機窒素栄養塩をN2ガスにして放出する作用は、かつては脱窒だけが知られていたが、ここ10年くらいは嫌気的アンモニア酸化（アナモックス）が実は重要だと盛り上がり、脱窒は重要でないともされてきた。しかし、アラビア海で両者の速度を15Nラベル実験で測定すると、脱窒がメインだった。南東熱帯太平洋では逆に、アナモックスがメイン。海域によって違うらしい。少なくともアラビア海では脱窒が重要で、つまりは全球的にも重要。News & Viewsに解説。
【海洋生元素循環2】
☆Science☆
Reassessing the Source of Long-Period Comets
Nathan A. Kaib and Thomas Quinn
Science (4 September 2009) 325(5945) 1234-1236, DOI: 10.1126/science.1172676
→数値シミュレーションにより、オールトの雲の内部が地球軌道を横切る長周期彗星の主要な起源であることが示された。後期Eoceneの大量絶滅は、こうした彗星の“大量爆撃”が原因かも？ Perspectivesに解説。
【最新論文（Nature, Science）】
Recent Warming Reverses Long-Term Arctic Cooling
Darrell S. Kaufman, David P. Schneider, Nicholas P. McKay, Caspar M. Ammann, Raymond S. Bradley, Keith R. Briffa, Gifford H. Miller, Bette L. Otto-Bliesner, Jonathan T. Overpeck, Bo M. Vinther, Arctic Lakes 2k Project Members
Science (4 September 2009) 325 (5945) 1236-1239, DOI: 10.1126/science.1173983
→北緯60度以北の気温の代替記録（湖底堆積物、氷床コア、樹木年輪）を統合した結果、過去2000年にわたる北極の寒冷化傾向（軌道要素変動によるらしい）が、20世紀の間に逆転していた。
【最新論文（Nature, Science）】
☆Proceedings of the National Academy of Sciences☆
Nonlinear electrophoretic response yields a unique parameter for separation of biomolecules
Joel Pel, David Broemeling, Laura Mai, Hau-Ling Poon, Giorgia Tropini, René L. Warren, Robert A. Holt, and Andre Marziali
PNAS, 1 Sep 2009, 106:14796-14801, doi:10.1073/pnas.0907402106
→非線形な電気泳動応答を利用して、DNAなど有機分子を分離する手法の開発。環境中からDNAを分離することは、フミン酸などがコンタミしてきて、従来なかなか難しかったらしい。例として、オイルサンドからDNAを抽出。
【核酸分析法1】
☆Nature Geoscience☆
Nitrification driven by bacteria and not archaea in nitrogen-rich grassland soils
H. J. Di, K. C. Cameron, J. P. Shen, C. S. Winefield, M. O'Callaghan, S. Bowatte & J. Z. He
Nature Geoscience (2009) 2(9), 621-624, doi:10.1038/ngeo613
→アンモニア酸化を環境中で担っているのは、アーキアかバクテリアか？ 窒素に富む草原土壌＠ニュージーランドで、アンモニア酸化の遺伝子量と活性を調べたところ、アンモニア酸化は主にバクテリアによって駆動されていることが示唆された。最近、アンモニア酸化アーキアの地位が下降気味のような気がする。やっぱり従属栄養？
【陸域生元素循環1】
The impact of remineralization depth on the air–sea carbon balance
Eun Young Kwon, François Primeau & Jorge L. Sarmiento
Nature Geoscience (2009) 2(9), 630-635, doi:10.1038/ngeo612
→3次元海洋生物地球化学モデルを使って、海洋で沈降する粒子状有機物（POC）が消費されてCO2に戻る「再無機化深度」の変動が、大気中CO2濃度に大きく影響することが示された。例えば24m深くなるだけで、10-27ppmの減少。将来のCO2濃度や、氷期間氷期サイクルのCO2濃度問題を考える上で、かなり重要そうだ。News & Viewsに解説。
【気候と生元素循環1】
The contribution of manure and fertilizer nitrogen to atmospheric nitrous oxide since 1860
Eric A. Davidson
Nature Geoscience (2009) 2(9), 659-662, doi:10.1038/ngeo608
→亜酸化窒素（N2O）が産業革命後に増加した分に対する、堆肥と合成肥料からの寄与をそれぞれ計算して推定。それぞれに含まれる窒素のうち2.0%、2.5%がAD1860-2005にN2Oとして放出されたらしい。堆肥が意外と（？）重要。
【最新論文（地球科学系）】
☆Geology☆
Molecular fossils reveal fluid composition and flow intensity at a Cretaceous seep
Jörn Peckmann, Daniel Birgel, and Steffen Kiel
Geology September 2009, 37, 847-850, doi:10.1130/G25658A.1
→白亜紀の冷湧水地層（腕足類化学合成群集が卓越）＠ウクライナで、バイオマーカーとその炭素同位体組成分析により当時の微生物群集構造を推定し、当時の流体のメタン濃度・寿命を推定。しかし、クロマトを見るとかなりぐちゃぐちゃの部分もあるので、炭素同位体がやや怪しい気がする…。
【化学合成群集2】
☆Earth and Planetary Science Letters☆
Insights into the formation of Fe- and Mg-rich aqueous solutions on early Mars provided by the ALH 84001 carbonates
Paul B. Niles, Mikhail Yu. Zolotov and Laurie A. Leshin
Earth and Planetary Science Letters, Available online 19 August 2009, doi:10.1016/j.epsl.2009.06.039
→火星隕石ALH84001（昔“微化石”で物議を醸した）の組成を分析すると、生物が生存可能な条件で形成されたことが分かった。FeとMgに富んだ水によって、100℃以下の低温、pH5-7で形成されたらしい。
【最新論文（地球科学系）】
☆Organic Geochemistry☆
Raman spectroscopy and biomarker analysis reveal multiple carbon inputs to a Precambrian glacial sediment
Alison Olcott Marshall, Frank A. Corsetti, Alex L. Sessions, Craig P. Marshall
Organic Geochemistry, Article in Press, Accepted Manuscript, Available online 29 August 2009, doi: 10.1016/j.orggeochem.2009.08.006
→プレカンの氷河性堆積物では、砕屑性陸源有機物と海洋有機物の区別が難しかったが（顕生代では同位体比が違うなどでまだ区別しやすい）、ラマン分光とバイオマーカー分析を組み合わせて、区別を可能にした。
【先カンブリア紀2】
☆Marine Chemistry☆
Methane sources in gas hydrate-bearing cold seeps: Evidence from radiocarbon and stable isotopes
J.W. Pohlman, J.E. Bauer, E.A. Canuel, K.S. Grabowski, D.L. Knies, C.S. Mitchell, M.J. Whiticar, R.B. Coffin
Marine Chemistry, 115(1-2), 102-109, doi:10.1016/j.marchem.2009.07.001
→世界各地の冷湧水のガスハイドレートに含まれるメタンの14C濃度・d13C・dDを測定し、起源を推定。1-2%とわずかながら、non-fossilな炭素が含まれており、浅層堆積物でのメタン生成
【化学合成群集2】
☆Biogeoscience☆
Influence of elevated CO2 concentrations on cell division and nitrogen fixation rates in the bloom-forming cyanobacterium Nodularia spumigena
J. Czerny, J. Barcelos e Ramos, and U. Riebesell
Biogeosciences, 6, 1865-1875, 2009.
→CO2濃度の上昇が、シアノバクテリア（Nodularia）の細胞分裂速度・窒素固定速度に与える影響を調べた。この種ではどちらの速度も落ち、活発化するTrichodesmiumとは対照的。Heterocystを作るか作らないかで、応答が違う？
【最新論文（生物系）】
☆Rapid Communications in Mass Spectrometry☆
Development of an advanced on-line position-specific stable carbon isotope system and application to methyl tert-butyl ether
Caroline Gauchotte, Gwen O'Sullivan, Simon Davis, Robert M. Kalin
Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009; 23: 3183–3193, DOI: 10.1002/rcm.4222
→分子内炭素同位体組成をオンラインで測定するシステムの開発。熱分解の温度や反応時間を調節できるようにして、熱分解の際の同位体分別をレイリープロットで計算できるようにした。メチル－t－ブチルエーテルを例に。
【最新論文（化学系）】
☆Journal of Chromatography A☆
Evidence of 13C non-covalent isotope effects obtained by quantitative 13C nuclear magnetic resonance spectroscopy at natural abundance during normal phase liquid chromatography
Eliot P. Botosoa, Virginie Silvestre, Richard J. Robins, Jose Manuel Moreno Rojas, Claude Guillou and Gérald S. Remaud
Journal of Chromatography A, Article in Press, Accepted Manuscript, Available online 31 August 2009, doi:10.1016/j.chroma.2009.08.066
→順相液体クロマトグラフィーにおける、13Cの分子内同位体分別を、13C-NMRで測定。
【最新論文（化学系）】
☆Applied and Environmental Microbiology☆
Inorganic and Organic Nitrogen Use by Synechococcus and Diatoms on the West Florida Shelf Measured Using Stable Isotope Probing
Boris Wawrik, Amy V. Callaghan, and Deborah A. Bronk
Appl. Environ. Microbiol., published online ahead of print on 4 September 2009, doi:10.1128/AEM.01002-09
→シアノバクテリア（Synechococcus）と珪藻に対して、様々な窒素基質（硝酸、アンモニア、尿素、アミノ酸）で15N-SIP。Synechococcusはアミノ酸の取り込みがあったが、珪藻にはなし。
【海洋生元素循環2】
☆Environmental Microbiology☆
Phylogenetic diversity of transition and anoxic zone bacterial communities within a near-shore anoxic basin: Nitinat Lake
Jana Schmidtova, Steven J. Hallam and Susan A. Baldwin
Environmental Microbiology, Published Online: 3 Sep 2009, 10.1111/j.1462-2920.2009.02044.x
→水深200mの無酸素フィヨルド（水深15mで硫化物）の微生物群集相解析。硫黄酸化細菌が多く、硫酸還元菌はほとんどいない。硫黄循環が主要なプロセスになっている。
【最新論文（生物系）】
☆FEMS Microbiology Letters☆
Next generation sequencing of microbial transcriptomes: challenges and opportunities
Arnoud H.M. van Vliet
FEMS Microbiology Letters, Published Online: 21 Aug 2009, 10.1111/j.1574-6968.2009.01767.x
→次世代の高速配列解析技術を用いた、微生物トランスクリプトームについてのレビュー。
【最新論文（生物系）】
科学ニュース（090905）
Scientists Return From First Ever Riser Drilling Operations In Seismogenic Zone
ScienceDaily (Sep. 4, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090904165108.htm
→地球深部探査船「ちきゅう」が、8月31日に、IODP Exp.319（NanTroSEIZE, Stage-2）を無事に終了した。 史上初の、ライザーを使った科学掘削。
Martian meteorite may have held life
New Scientist, 02 September 2009
http://www.newscientist.com/article/mg20327244.800-martian-meteorite-may-have-held-life.html
→火星隕石ALH84001（昔“微化石”で物議を醸した）の組成を分析すると、生物が生存可能な条件で形成されたことが分かった。Earth and Planetary Science Lettersに論文。
ScienceDaily (Sep. 4, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090904165108.htm
→地球深部探査船「ちきゅう」が、8月31日に、IODP Exp.319（NanTroSEIZE, Stage-2）を無事に終了した。 史上初の、ライザーを使った科学掘削。
Martian meteorite may have held life
New Scientist, 02 September 2009
http://www.newscientist.com/article/mg20327244.800-martian-meteorite-may-have-held-life.html
→火星隕石ALH84001（昔“微化石”で物議を醸した）の組成を分析すると、生物が生存可能な条件で形成されたことが分かった。Earth and Planetary Science Lettersに論文。
2009年9月4日金曜日
科学ニュース（090904）
Web Page Ranking Algorithm Detects Critical Species In Ecosystems
ScienceDaily (Sep. 3, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090904071652.htm
→Googleのページランクのアルゴリズムを使って、生態系の捕食被食関係を解析して、重要な種がどれかを特定できるらしい。同じように、他の分野にも応用できそうな気がする。
先端研究助成、京大教授らに総額２７００億円
読売新聞（2009年9月4日）
http://www.yomiuri.co.jp/science/news/20090904-OYT1T00975.htm
→30人のうち、11人が東大（～1000億円？）。合原一幸教授（生研）、荒川泰彦教授（先端研）、片岡一則教授（工学系）、喜連川優教授（生研）、児玉龍彦教授（先端研）、瀬川浩司教授（先端研）、十倉好紀教授（工学系）、永井良三教授（医学系）、中須賀真一教授（工学系）、水野哲孝教授（工学系）、村山斉教授（数物機構）。元々お金持ちの先生が多いような。それぞれ、何にどうやって90億円を使うのかが気になる。それにしても工学・医学がほどんど。そもそも30人のうち、基礎科学は村山教授だけか…。
Are Sunspots Disappearing?
Science @ NASA Feature Stories Podcast
http://science.nasa.gov/headlines/y2009/03sep_sunspots.htm
→先日にAGUのEOSに載った、太陽磁場弱化の記事について。
Japan: How Will Science Fare?
Science News of the Week (4 September 2009)
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/325/5945/1193-a
→民主党政権の科学政策はどうなる？という話。概算要求の見直しや、国立大学法人の効率化係数の廃止など。
ScienceDaily (Sep. 3, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090904071652.htm
→Googleのページランクのアルゴリズムを使って、生態系の捕食被食関係を解析して、重要な種がどれかを特定できるらしい。同じように、他の分野にも応用できそうな気がする。
先端研究助成、京大教授らに総額２７００億円
読売新聞（2009年9月4日）
http://www.yomiuri.co.jp/science/news/20090904-OYT1T00975.htm
→30人のうち、11人が東大（～1000億円？）。合原一幸教授（生研）、荒川泰彦教授（先端研）、片岡一則教授（工学系）、喜連川優教授（生研）、児玉龍彦教授（先端研）、瀬川浩司教授（先端研）、十倉好紀教授（工学系）、永井良三教授（医学系）、中須賀真一教授（工学系）、水野哲孝教授（工学系）、村山斉教授（数物機構）。元々お金持ちの先生が多いような。それぞれ、何にどうやって90億円を使うのかが気になる。それにしても工学・医学がほどんど。そもそも30人のうち、基礎科学は村山教授だけか…。
Are Sunspots Disappearing?
Science @ NASA Feature Stories Podcast
http://science.nasa.gov/headlines/y2009/03sep_sunspots.htm
→先日にAGUのEOSに載った、太陽磁場弱化の記事について。
Japan: How Will Science Fare?
Science News of the Week (4 September 2009)
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/325/5945/1193-a
→民主党政権の科学政策はどうなる？という話。概算要求の見直しや、国立大学法人の効率化係数の廃止など。
2009年9月3日木曜日
科学ニュース（090903）
Will Kepler Find Habitable Moons?
ScienceDaily (Sep. 3, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090903064925.htm
→今年初めに打ち上げられた系外惑星探査人工衛星Keplerは、地球サイズの系外惑星を発見できると期待されているが、さらにはなんとなんと、居住可能な“系外衛星”の探知までできる可能性があるという。土星サイズの系外惑星を、地球の0.2倍質量以上の衛星が回っていれば、OKらしい。すごいなKepler。。。Monthly Notices of the Royal Astronomical Societyに論文。
民主、補正予算を原則全面停止…未執行分
読売新聞 （2009年9月3日）
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090903-00000522-yom-pol
補正予算、執行停止を確認＝数兆円の財源確保へ－民主
時事通信, 2009年9月3日
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090903-00000172-jij-pol
→基金が止められるということは、最先端研究開発支援プログラム（先端研究助成基金）もアウト？？ 少なくとも、「優秀若手研究者海外派遣事業」（研究者海外派遣基金）は止めないでほしいなぁ。。。
Early Warning Signals Of Change: 'Tipping Points' Identified Where Sudden Shifts To New Conditions Occur
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902133625.htm
→複雑系における臨界遷移で、新しい状態に向かって急激な変化が起きるときには、先に「警告」が出るという話。気候も例の一つに挙げられていて、最終氷期から完新世に移る際のヤンガー・ドライアスが、その「警告」らしい。他にも、生態学や経済学、生理学でも見られるらしい。Natureにレビュー論文。
Methane Gas Likely Spewing Into The Oceans Through Vents In Sea Floor
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902133637.htm
→メタンハイドレートの粒子スケールモデリングによると、メタンガスは堆積物に割れ目を作ることで、ハイドレートとして固まらず速やかに海底へ抜けてしまう部分があるらしい。地球温暖化に対するメタハイの応答は、従来の予想よりもずっと大きいかもしれない。また、CO2地中貯留でも、CO2が上に抜けていく可能性があるらしい。Journal of Geophysical Researchに論文。
Denitrification, Its Importance Once Diluted, May Be Back On Top
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902151115.htm
Nitrogen cycle: Oceans apart
Nature News & Views (3 September 2009)
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/461049a.html
→無機窒素栄養塩をN2ガスにして放出する作用は、かつては脱窒だけが知られていたが、ここ10年くらいは嫌気的アンモニア酸化（アナモックス）が実は重要だと盛り上がり、脱窒は重要でないともされてきた。しかし、アラビア海で両者の速度を15Nラベル実験で測定すると、脱窒がメインだった。南東熱帯太平洋では逆に、アナモックスがメイン。海域によって違うらしい。少なくともアラビア海では脱窒が重要で、つまりは全球的にも重要。Natureに論文。
Exoplanets: Explaining the eccentricities
Nature Research Highlights (3 September 2009)
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/461014b.html
→系外惑星には「エキセントリックな」軌道を持つ惑星が多く見つかっているが、実は未発見の別の惑星の効果で、そう見えているだけの場合もあるらしい。Astrophysical Journalに論文。
ScienceDaily (Sep. 3, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090903064925.htm
→今年初めに打ち上げられた系外惑星探査人工衛星Keplerは、地球サイズの系外惑星を発見できると期待されているが、さらにはなんとなんと、居住可能な“系外衛星”の探知までできる可能性があるという。土星サイズの系外惑星を、地球の0.2倍質量以上の衛星が回っていれば、OKらしい。すごいなKepler。。。Monthly Notices of the Royal Astronomical Societyに論文。
民主、補正予算を原則全面停止…未執行分
読売新聞 （2009年9月3日）
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090903-00000522-yom-pol
補正予算、執行停止を確認＝数兆円の財源確保へ－民主
時事通信, 2009年9月3日
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090903-00000172-jij-pol
→基金が止められるということは、最先端研究開発支援プログラム（先端研究助成基金）もアウト？？ 少なくとも、「優秀若手研究者海外派遣事業」（研究者海外派遣基金）は止めないでほしいなぁ。。。
Early Warning Signals Of Change: 'Tipping Points' Identified Where Sudden Shifts To New Conditions Occur
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902133625.htm
→複雑系における臨界遷移で、新しい状態に向かって急激な変化が起きるときには、先に「警告」が出るという話。気候も例の一つに挙げられていて、最終氷期から完新世に移る際のヤンガー・ドライアスが、その「警告」らしい。他にも、生態学や経済学、生理学でも見られるらしい。Natureにレビュー論文。
Methane Gas Likely Spewing Into The Oceans Through Vents In Sea Floor
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902133637.htm
→メタンハイドレートの粒子スケールモデリングによると、メタンガスは堆積物に割れ目を作ることで、ハイドレートとして固まらず速やかに海底へ抜けてしまう部分があるらしい。地球温暖化に対するメタハイの応答は、従来の予想よりもずっと大きいかもしれない。また、CO2地中貯留でも、CO2が上に抜けていく可能性があるらしい。Journal of Geophysical Researchに論文。
Denitrification, Its Importance Once Diluted, May Be Back On Top
ScienceDaily (Sep. 2, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090902151115.htm
Nitrogen cycle: Oceans apart
Nature News & Views (3 September 2009)
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/461049a.html
→無機窒素栄養塩をN2ガスにして放出する作用は、かつては脱窒だけが知られていたが、ここ10年くらいは嫌気的アンモニア酸化（アナモックス）が実は重要だと盛り上がり、脱窒は重要でないともされてきた。しかし、アラビア海で両者の速度を15Nラベル実験で測定すると、脱窒がメインだった。南東熱帯太平洋では逆に、アナモックスがメイン。海域によって違うらしい。少なくともアラビア海では脱窒が重要で、つまりは全球的にも重要。Natureに論文。
Exoplanets: Explaining the eccentricities
Nature Research Highlights (3 September 2009)
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/461014b.html
→系外惑星には「エキセントリックな」軌道を持つ惑星が多く見つかっているが、実は未発見の別の惑星の効果で、そう見えているだけの場合もあるらしい。Astrophysical Journalに論文。
2009年9月2日水曜日
科学ニュース（090902）
民主の補正予算見直し、基金１兆円超凍結
読売新聞、2009年9月1日
http://www.yomiuri.co.jp/politics/news/20090902-OYT1T00049.htm
→とりあえず、科学技術関連予算は凍結対象に入っていない模様。最先端研究開発支援プログラムはどうなったのかな。
Climate Change Mitigation Strategies Ignore Carbon Cycling Processes Of Inland Waters, Scientists Say
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901143313.htm
→陸域水圏は地球表面の1%しか占めないが、炭素循環に果たす役割は実はかなり大きいという話。京都議定書が基づいている生物地球化学モデルには、きちんと組み込まれていないので、今後必要。また、河川は広域にまたがり国境を越えるので、国ごとに炭素収支を計算する方式にも影響しそう。Nature Geoscienceに論文。
Map Characterizes Active Lakes Below Antarctic Ice
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901150949.htm
→南極氷床の下の湖の動態を時系列（4.5年）で観測。人工衛星からレーザーで氷床の高度を測定すると、変動していて、湖が動いているのが分かるらしい。東南極の“湖水地方”は、非活動的らしい。沿岸地域に活動的な湖が多く、海水準変動にも影響しているかも。怪しい生物・微生物いるかな…。Journal of Glaciologyに論文。
Stop Emitting Carbon Dioxide, Or Geoengineering Could Be Only Hope For Earth's Climate, Experts Warn
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901105412.htm
Time To Lift The Geoengineering Taboo, Experts Urge
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901104846.htm
Climate-control plans scrutinized
Nature News, September 1, 2009
http://www.nature.com/news/2009/090901/full/461019a.html
Royal Society Prods, Cautions on Fixing Climate
ScienceInsider, September 1, 2009
http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/09/royal-society-p.html
→地球温暖化への対策として、気候を人工的に制御する「地球工学」がたびたび着目されるが、英国王立協会が「Geoengineering the climate」なる報告書をまとめ、各紙を賑わせている（日本の新聞ではまだ見ていないけど…）。規模は違うが、IPCC報告書みたいな感じか。大雑把には「色々と副作用が起こりえて危険かもしれないが、排出削減に失敗していざとなれば使えるかも。さらに研究を進めて、効果と費用をきちんと評価していくべき」という話。
（参考）英国王立協会による報告書「Geoengineering the climate」（PDF）
http://royalsociety.org/displaypagedoc.asp?id=35094
Species in a snap: Raman analysis of blood
Anal. Chem. News, September 1, 2009
http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ac901827u
→血液をラマン分光で測定すると、どの生物種の血液かが簡単に分かるという技術の話。シグナル自体はぱっと見よく似ているが、クラスタリングできるらしい。犯罪捜査などに有用かもしれない。生態学などにも使えないだろうか？ Analytical Chemistryに論文。
読売新聞、2009年9月1日
http://www.yomiuri.co.jp/politics/news/20090902-OYT1T00049.htm
→とりあえず、科学技術関連予算は凍結対象に入っていない模様。最先端研究開発支援プログラムはどうなったのかな。
Climate Change Mitigation Strategies Ignore Carbon Cycling Processes Of Inland Waters, Scientists Say
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901143313.htm
→陸域水圏は地球表面の1%しか占めないが、炭素循環に果たす役割は実はかなり大きいという話。京都議定書が基づいている生物地球化学モデルには、きちんと組み込まれていないので、今後必要。また、河川は広域にまたがり国境を越えるので、国ごとに炭素収支を計算する方式にも影響しそう。Nature Geoscienceに論文。
Map Characterizes Active Lakes Below Antarctic Ice
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901150949.htm
→南極氷床の下の湖の動態を時系列（4.5年）で観測。人工衛星からレーザーで氷床の高度を測定すると、変動していて、湖が動いているのが分かるらしい。東南極の“湖水地方”は、非活動的らしい。沿岸地域に活動的な湖が多く、海水準変動にも影響しているかも。怪しい生物・微生物いるかな…。Journal of Glaciologyに論文。
Stop Emitting Carbon Dioxide, Or Geoengineering Could Be Only Hope For Earth's Climate, Experts Warn
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901105412.htm
Time To Lift The Geoengineering Taboo, Experts Urge
ScienceDaily (Sep. 1, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/09/090901104846.htm
Climate-control plans scrutinized
Nature News, September 1, 2009
http://www.nature.com/news/2009/090901/full/461019a.html
Royal Society Prods, Cautions on Fixing Climate
ScienceInsider, September 1, 2009
http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/09/royal-society-p.html
→地球温暖化への対策として、気候を人工的に制御する「地球工学」がたびたび着目されるが、英国王立協会が「Geoengineering the climate」なる報告書をまとめ、各紙を賑わせている（日本の新聞ではまだ見ていないけど…）。規模は違うが、IPCC報告書みたいな感じか。大雑把には「色々と副作用が起こりえて危険かもしれないが、排出削減に失敗していざとなれば使えるかも。さらに研究を進めて、効果と費用をきちんと評価していくべき」という話。
（参考）英国王立協会による報告書「Geoengineering the climate」（PDF）
http://royalsociety.org/displaypagedoc.asp?id=35094
Species in a snap: Raman analysis of blood
Anal. Chem. News, September 1, 2009
http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ac901827u
→血液をラマン分光で測定すると、どの生物種の血液かが簡単に分かるという技術の話。シグナル自体はぱっと見よく似ているが、クラスタリングできるらしい。犯罪捜査などに有用かもしれない。生態学などにも使えないだろうか？ Analytical Chemistryに論文。
2009年9月1日火曜日
科学ニュース（090901）
Oceanography: The dark side of marine carbon
Nature Geoscience News & Views, 2, 603 - 604 (1 Sep, 2009)
http://www.nature.com/ngeo/journal/v2/n9/full/ngeo621.html
→海の炭素循環では、表層での光合成による炭素固定が主に着目されて研究されてきたが、中深層で粒子状有機物が代謝されてCO2に戻る「再無機化深度」が重要という話。Nature Geoscienceに論文。
Early biosphere: Magnifying ancient microstructures
Nature Geoscience News & Views, 2, 606 - 607 (1 Sep, 2009)
http://www.nature.com/ngeo/journal/v2/n9/full/ngeo611.html
→ 34億6500万年前のApexチャートの“微化石”の論争について。SEMなどで岩石をよく観察したら、熱水変質が起きていて、“微化石”は怪しいという話。Nature Geoscienceに論文。しかし、この直前にGeologyには、「“微化石”の組成を分析したら生物由来らしい」という論文も出ていた。喧々諤々。
Astronomers Find Coldest, Driest, Calmest Place On Earth
ScienceDaily (Aug. 31, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/08/090831130655.htm
→地上で天体観測望遠鏡を置くのに最適な場所（寒くて、乾燥していて、空気の乱れが少ない場所）を探していたら、南極高原のRidge Aという場所になったらしい。高度4053mで、冬の平均気温は－70℃、湿度はごくわずか、風もほどんどない。従来の3倍シャープな画像が得られ、ハッブルにも匹敵？
Indian Moon Mission "Terminated"
ScienceInsider, August 31, 2009
http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/08/indian-moon-mis.html
→インドの無人月探査機Chandrayaan-1が通信途絶。7万枚の画像を取得するなど一応「成功」らしいが、まだ途中の計画もあったろうので、担当者は悲しいだろうなぁ…。電源システムが落ちるなど、最初からトラブル続きだったらしい。
Old Moon Discovery Helps Unlock Earth Ocean Secrets
ScienceDaily (Aug. 31, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/08/090831130145.htm
→ 海底面での圧力の分布を知ることが海洋物理学では重要だが（大気圧を知ることが気象学で大事なように）、重力探知人工衛星Graceをもってしても、なかなか難しかった。そこで、アポロ計画の月面重力探査で用いられたデータ解析技術を転用したら、可能になった。海水準上昇の研究などに役立つらしい。ちなみに日本では、実際に海底面に機器を置いて圧力を計測しているので、人工衛星データと比較できて良いらしい。
Nature Geoscience News & Views, 2, 603 - 604 (1 Sep, 2009)
http://www.nature.com/ngeo/journal/v2/n9/full/ngeo621.html
→海の炭素循環では、表層での光合成による炭素固定が主に着目されて研究されてきたが、中深層で粒子状有機物が代謝されてCO2に戻る「再無機化深度」が重要という話。Nature Geoscienceに論文。
Early biosphere: Magnifying ancient microstructures
Nature Geoscience News & Views, 2, 606 - 607 (1 Sep, 2009)
http://www.nature.com/ngeo/journal/v2/n9/full/ngeo611.html
→ 34億6500万年前のApexチャートの“微化石”の論争について。SEMなどで岩石をよく観察したら、熱水変質が起きていて、“微化石”は怪しいという話。Nature Geoscienceに論文。しかし、この直前にGeologyには、「“微化石”の組成を分析したら生物由来らしい」という論文も出ていた。喧々諤々。
Astronomers Find Coldest, Driest, Calmest Place On Earth
ScienceDaily (Aug. 31, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/08/090831130655.htm
→地上で天体観測望遠鏡を置くのに最適な場所（寒くて、乾燥していて、空気の乱れが少ない場所）を探していたら、南極高原のRidge Aという場所になったらしい。高度4053mで、冬の平均気温は－70℃、湿度はごくわずか、風もほどんどない。従来の3倍シャープな画像が得られ、ハッブルにも匹敵？
Indian Moon Mission "Terminated"
ScienceInsider, August 31, 2009
http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/08/indian-moon-mis.html
→インドの無人月探査機Chandrayaan-1が通信途絶。7万枚の画像を取得するなど一応「成功」らしいが、まだ途中の計画もあったろうので、担当者は悲しいだろうなぁ…。電源システムが落ちるなど、最初からトラブル続きだったらしい。
Old Moon Discovery Helps Unlock Earth Ocean Secrets
ScienceDaily (Aug. 31, 2009)
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/08/090831130145.htm
→ 海底面での圧力の分布を知ることが海洋物理学では重要だが（大気圧を知ることが気象学で大事なように）、重力探知人工衛星Graceをもってしても、なかなか難しかった。そこで、アポロ計画の月面重力探査で用いられたデータ解析技術を転用したら、可能になった。海水準上昇の研究などに役立つらしい。ちなみに日本では、実際に海底面に機器を置いて圧力を計測しているので、人工衛星データと比較できて良いらしい。
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