2009年12月1日火曜日

新しい論文(091123-091129)

☆Nature☆

Increase in Agulhas leakage due to poleward shift of Southern Hemisphere westerlies
A. Biastoch, C. W. Böning, F. U. Schwarzkopf & J. R. E. Lutjeharms
Nature 462, 495-498 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08519
→アガラス・リーケージによるインド洋水塊の南大西洋への輸送が、風の強制の変動に応答して過去数十年間に増加しているらしい。南大西洋の水温躍層水塊で観測された塩分濃度の増加の一因。MOCの将来の変化に影響する可能性あり。
【最新論文(Nature, Science)】

Host plant genome overcomes the lack of a bacterial gene for symbiotic nitrogen fixation
Tsuneo Hakoyama, Kaori Niimi, Hirokazu Watanabe, Ryohei Tabata, Junichi Matsubara, Shusei Sato, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata, Li Jichun, Tsuyoshi Matsumoto, Kazuyuki Tatsumi, Mika Nomura, Shigeyuki Tajima, Masumi Ishizaka, Koji Yano, Haruko Imaizumi-Anraku, Masayoshi Kawaguchi, Hiroshi Kouchi & Norio Suganuma
Nature 462, 514-517 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08594
→内部共生細菌の窒素固定系には、宿主植物細胞由来のホモクエン酸が必須らしい。共生窒素固定におけるマメ科植物と根粒菌との相補的で不可欠な協力関係の分子基盤が分かってきた。
【最新論文(Nature, Science)】

An ancient light-harvesting protein is critical for the regulation of algal photosynthesis
Graham Peers, Thuy B. Truong, Elisabeth Ostendorf, Andreas Busch, Dafna Elrad, Arthur R. Grossman, Michael Hippler & Krishna K. Niyogi
Nature 462, 518-521 (26 November 2009) doi:10.1038/nature08587
→真核藻類の酸化損傷防御装置を調べると、陸上植物とは異なったタンパク質を用いて有害な余剰光エネルギーを消失させ、光合成装置を損傷から守っていることが分かった。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Science☆

Climate-Driven Basin-Scale Decadal Oscillations of Oceanic Phytoplankton
Elodie Martinez, David Antoine, Fabrizio D’Ortenzio, and Bernard Gentili
Science 27 November 2009: Vol. 326. no. 5957, pp. 1253 – 1256, DOI: 10.1126/science.1177012
→衛星データによると、海洋上層の植物プランクトン(クロロフィル)が、海盆スケールで、海面水温の10年規模変動に影響されている。
【最新論文(Nature, Science)】

Global Signatures and Dynamical Origins of the Little Ice Age and Medieval Climate Anomaly
Michael E. Mann, Zhihua Zhang, Scott Rutherford, Raymond S. Bradley, Malcolm K. Hughes, Drew Shindell, Caspar Ammann, Greg Faluvegi, and Fenbiao Ni
Science 27 November 2009: Vol. 326. no. 5957, pp. 1256 - 1260, DOI: 10.1126/science.1177303
→過去1500年間の気温変動の空間的分布を、プロキシネットワークから復元。中世温暖期や小氷期は、自然気候強制力に対して、エルニーニョや北大西洋振動のような大規模な過程を経て現れた、気候システムの力学的応答らしい。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Organic Geochemistry☆

δ13C-δD distribution of lipid biomarkers in a bacterial mat from a hot spring in Miyagi Prefecture, NE Japan
Hiroshi Naraoka, Tomoko Uehara, Satoshi Hanada and Takeshi Kakegawa
Organic Geochemistry (2009), Available online 26 November 2009, doi:10.1016/j.orggeochem.2009.11.008
→宮城県の温泉微生物マットで脂質の炭素・水素同位体組成分析。C16:1脂肪酸とC20:1脂肪酸で、値が大きく違い、各微生物の代謝経路を反映?
【熱水系1】


☆Biogeosciences☆

Nitrogen uptake and regeneration pathways in the equatorial Pacific: a basin scale modeling study
X. J. Wang, R. Murtugudde and R. Le Borgne
Biogeosciences, 6, 2647-2660, 2009
→赤道太平洋で硝酸・アンモニアの同化・無機化過程の数値モデル。栄養塩の空間分布をうまく再現できたらしい。動物プランクトンによるアンモニア排出が、貧栄養海域有光層における重要な窒素源となっている。
【最新論文(地球科学系)】


☆The ISME Journal☆

Polymerase chain reaction primers miss half of rRNA microbial diversity
SunHee Hong, John Bunge, Chesley Leslin, Sunok Jeon and Slava S Epstein
The ISME Journal (2009) 3, 1365–1373; doi:10.1038/ismej.2009.89
→PCRプライマーやDNA抽出のバイアスがあるため、単一のPCRプライマーとDNA抽出法の組み合わせだと、rRNAの多様性の半分を検出できていないらしい。様々なプライマー・抽出手法を組み合わせるとバイアスは減るが、それでもまだ検出できていない微生物がいそう。
【最新論文(生物系)】

Microbial community structure in the North Pacific ocean
Mark V Brown, Gayle K Philip, John A Bunge, Matthew C Smith, Andrew Bissett, Federico M Lauro, Jed A Fuhrman and Stuart P Donachie
The ISME Journal (2009) 3, 1374–1386; doi:10.1038/ismej.2009.86
→北太平洋ALOHAでribosomal tag pyrosequencingで、微生物群集組成を調べた。従来研究よりも真核微生物の多様性がほぼ1桁多く推定されたらしい。微生物ループとかに重要?
【最新論文(生物系)】

Abundant transposases encoded by the metagenome of a hydrothermal chimney biofilm
William J Brazelton1 and John A Baross
The ISME Journal (2009) 3, 1420–1424; doi:10.1038/ismej.2009.79
→Lost City熱水噴出孔の微生物マットでメタゲノム解析すると、遺伝子水平伝播に関係する酵素遺伝子が大量に含まれていた。しかも16S rRNAよりも多様性が高い。種としての多様性が低くても、水平伝播を活用して、発現型として多様性が高くなる?
【最新論文(生物系)】


☆Trends in Microbiology☆

New dimensions of the virus world discovered through metagenomics
David M. Kristensen, Arcady R. Mushegian, Valerian V. Dolja and Eugene V. Koonin
Trends in Microbiology, Available online 26 November 2009, DOI:doi:10.1016/j.tim.2009.11.003
→ウイルスのメタゲノムのレビュー。
【ウイルス1】

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