2009年9月21日月曜日

新しい論文(090914-090920)

今週はなかなか豊作。

☆Nature☆

New particle formation in forests inhibited by isoprene emissions
Astrid Kiendler-Scharr, Jürgen Wildt, Miikka Dal Maso, Thorsten Hohaus, Einhard Kleist, Thomas F. Mentel, Ralf Tillmann, Ricarda Uerlings, Uli Schurr & Andreas Wahner
Nature 461 381-384, 17 September 2009, doi:10.1038/nature08292
→植物が大気中に放出する揮発性有機化合物(VOCs)は、エアロゾルを作って雲の素になるとされるが、室内実験によるとVOCsのうちイソプレンはむしろエアロゾル生成を妨げるらしい。OHラジカルとイソプレンがよく反応するからだとか。温暖化や土地利用変化でイソプレン放出量が増えると、雲が減ってより温暖化? News & Viewsに解説。
【最新論文(Nature, Science)】

Holocene thinning of the Greenland ice sheet
B. M. Vinther, S. L. Buchardt, H. B. Clausen, D. Dahl-Jensen, S. J. Johnsen, D. A. Fisher, R. M. Koerner, D. Raynaud, V. Lipenkov, K. K. Andersen, T. Blunier, S. O. Rasmussen, J. P. Steffensen & A. M. Svensson
Nature 461 385-388, 17 September 2009, doi:10.1038/nature08355
→北半球の様々な古気候記録に見られる9-6千年前の完新世温暖期は、グリーンランド氷床コアには見られないとされてきたが、酸素同位体比記録などから氷床の高度を復元すると、その時期に氷床が薄くなっていたらしい。モデルでは再現できないので、モデル改良が必要。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Science☆

An Anomalous Basaltic Meteorite from the Innermost Main Belt
Philip A. Bland, Pavel Spurny, Martin C. Towner, Alex W. R. Bevan, Andrew T. Singleton, William F. Bottke, Jr., Richard C. Greenwood, Steven R. Chesley, Lukas Shrbeny, Jiri Borovicka, Zdenek Ceplecha, Terence P. McClafferty, David Vaughan, Gretchen K. Benedix, Geoff Deacon, Kieren T. Howard, Ian A. Franchi, and Robert M. Hough
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1525 - 1527, DOI: 10.1126/science.1174787
→新しく見つかった玄武岩隕石の酸素同位体組成と軌道特性は、小惑星4 Vesta(大部分の玄武岩隕石の母天体)とは違うらしい。微惑星進化モデルと一致して、重要だとか。
【最新論文(Nature, Science)】

Evidence for Obliquity Forcing of Glacial Termination II
R. N. Drysdale, J. C. Hellstrom, G. Zanchetta, A. E. Fallick, M. F. Sanchez Goni, I. Couchoud, J. McDonald, R. Maas, G. Lohmann, and I. Isola
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1527 - 1531, DOI: 10.1126/science.1170371
→鍾乳石を基にした、北大西洋海底堆積物の新しいchronologyによると、前々回の退氷期の開始(141,000±2500年前)は、歳差運動ではなく、黄道傾斜角の変化に原因があるらしい。最終退氷期との時間差も、ちょうど黄道傾斜角変化の周期×3(12.3万年)らしい。ミランコビッチサイクルが、またややこしくなってきたな。。。
【最新論文(Nature, Science)】

Controls on Diatom Biogeography in the Ocean
Pedro Cermeno and Paul G. Falkowski
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1539 - 1541, DOI: 10.1126/science.1174159
→最近150万年間の珪藻化石群集の記録によると、珪藻の分散は、地理的バリアによって抑制されていなかったらしい。微生物の生物多様性を決める要因は、大きな動物・植物とは根本から違うようだ。Perspectivesに解説。
【最新論文(Nature, Science)】

A Constant Flux of Diverse Thermophilic Bacteria into the Cold Arctic Seabed
Casey Hubert, Alexander Loy, Maren Nickel, Carol Arnosti, Christian Baranyi, Volker Bruchert, Timothy Ferdelman, Kai Finster, Flemming Monsted Christensen, Julia Rosa de Rezende, Verona Vandieken, and Bo Barker Jorgensen
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1541 - 1544, DOI: 10.1126/science.1174012
→好熱バクテリアが、年間1億匹/m2の割合で、堆積物や海洋地殻の中の流体に乗って、北極の冷たい海底へ流入しつづけているらしい。こうした“海底下の大河”は、海洋微生物の高い多様性(本来生息しているはずのない場所に見つかることが多い)に重要と思われる。なるほどなぁ…。Perspectivesに解説。
【地下生物圏1】

Three-Dimensional Structural View of the Central Metabolic Network of Thermotoga maritima
Ying Zhang, Ines Thiele, Dana Weekes, Zhanwen Li, Lukasz Jaroszewski, Krzysztof Ginalski, Ashley M. Deacon, John Wooley, Scott A. Lesley, Ian A. Wilson, Bernhard Palsson, Andrei Osterman, and Adam Godzik
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1544 - 1549, DOI: 10.1126/science.1174671
→タンパク質構造を生化学データと統合することで、細菌細胞の中央代謝ネットワークの三次元像が作成された。よく知らないけど、重要そう。
【最新論文(Nature, Science)】

D-Amino Acids Govern Stationary Phase Cell Wall Remodeling in Bacteria
Hubert Lam, Dong-Chan Oh, Felipe Cava, Constantin N. Takacs, Jon Clardy, Miguel A. de Pedro, and Matthew K. Waldor
Science 18 September 2009: Vol. 325. no. 5947, pp. 1552 - 1555, DOI: 10.1126/science.1178123
→バクテリアがD-アミノ酸を作る理由は、細胞壁(ペプチドグリカン)の構成・構造・量・強度を制御するためらしい。まだまだ秘密の役割もありそう。
【最新論文(Nature, Science)】


☆Proceedings of the National Academy of Sciences☆

The genomic basis of trophic strategy in marine bacteria
Federico M. Lauro, Diane McDougald, Torsten Thomas, Timothy J. Williams, Suhelen Egan, Scott Rice, Matthew Z. DeMaere, Lily Ting, Haluk Ertan, Justin Johnson, Steven Ferriera, Alla Lapidus, Iain Anderson, Nikos Kyrpides, A. Christine Munk, Chris Detter, Cliff S. Han, Mark V. Brown, Frank T. Robb, Staffan Kjelleberg, and Ricardo Cavicchioli
PNAS September 15 2009 106:15527-15533, doi:10.1073/pnas.0903507106
→富栄養性バクテリアと貧栄養性バクテリアのモデル生物のゲノムから、それぞれの生活様式に特異的な遺伝子を探して、海洋メタゲノムデータで探索。今まで培養できているのはほとんど富栄養性なのに対して、実際の海洋微生物の大部分は貧栄養性らしい。Commentaryに解説。
【海洋生元素循環2】

Hydrogen is a preferred intermediate in the energy-conserving electron transport chain of Methanosarcina barkeri
Gargi Kulkarni, Donna M. Kridelbaugh, Adam M. Guss and William W. Metcalf
PNAS September 15 2009 106:15915-15920, doi:10.1073/pnas.0905914106
→Methanosarcina barkeriという淡水性メタン生成アーキアは、メタノールを基質にメタン生成するとき、水素ガス(H2)を中間代謝物として使っているらしい。同位体組成はどうなるんだろう?
【最新論文(生物系)】


☆Nature Geoscience☆

The cycling and redox state of nitrogen in the Archaean ocean
Linda V. Godfrey & Paul G. Falkowski
Nature Geoscience, Published online: 13 September 2009, doi:10.1038/ngeo633
→太古代の堆積岩のバルク窒素同位体組成から、当時の窒素サイクルを復元。26.7億年前には、硝化と脱窒(orアナモックス)のセットが始まり、つまり大気中に酸素分子があったことを示すらしい。窒素栄養塩が失われていく結果、酸素発生プランクトンの生育が制限され、大気中酸素の蓄積が遅れた? 化合物レベル窒素同位体分析だとどうなるか。。。
【先カンブリア紀2】


☆Geochimica et Cosmochimica Acta☆

Nitrogen isotopes in the recent solar wind from the analysis of Genesis targets: Evidence for large scale isotope heterogeneity in the early Solar system
Bernard Marty, Laurent Zimmermann, Peter G. Burnard, Rainer Wieler, Veronika S. Heber, Donald L. Burnett, Roger C. Wiens and Peter Bochsler
Geochimica et Cosmochimica Acta, Available online 15 September 2009, doi:10.1016/j.gca.2009.09.007.
→Genesisミッションで補足された太陽風の窒素同位体組成を分析すると、内惑星や隕石よりも40%ほど15Nに乏しい値だった。木星大気とは変わらず。初期太陽系で窒素同位体の大規模な不均質性があったらしい。
【最新論文(地球科学系)】


☆Environmental Microbiology☆

Archaeal communities associated with shallow to deep subseafloor sediments of the New Caledonia Basin
Erwan G. Roussel, Anne-Laure Sauvadet, Carine Chaduteau, Yves Fouquet, Jean-Luc Charlou, Daniel Prieur and Marie-Anne Cambon Bonavita
Environmental Microbiology (2009) 11(9) 2446-2462, 10.1111/j.1462-2920.2009.01976.x
→ニューカレドニアの海底堆積物(0-36mbsf)中の遺伝子から、アーキアの群集組成を調べた。あまり新しい発見は無い印象。冷たい海底堆積物に好熱アーキアが見られるのは、まさにScience今週号のHubert et al.と同じことだろう。
【地下生物圏1】

Ammonia-oxidizing Archaea in the Arctic Ocean and Antarctic coastal waters
Karen M. Kalanetra, Nasreen Bano and James T. Hollibaugh
Environmental Microbiology (2009) 11 (9) 2434-2445, DOI:10.1111/j.1462-2920.2009.01974.x
→北極海と南極海で、Crenarchaeotaとアンモニア酸化アーキアの遺伝子分布を調べると、「アンモニア酸化の遺伝子(amoA)を持たないCrenarchaeota」が支配的らしい。遠洋だけでなく、陸に近くてアンモニアが多い海域でも。
【海洋生元素循環2】

Complex nitrogen cycling in the sponge Geodia barretti
Friederike Hoffmann, Regina Radax, Dagmar Woebken, Moritz Holtappels, Gaute Lavik, Hans Tore Rapp, Marie-Lise Schläppy, Christa Schleper and Marcel M. M. Kuypers
Environmental Microbiology (2009) 11 (9) 2228-2243, DOI:10.1111/j.1462-2920.2009.01944.x
→海綿(Geodia barretti)は、多様な微生物を飼っていて、アンモニア酸化、亜硝酸酸化、脱窒、アナモックスと、複雑な窒素サイクルを形成しているらしい。海綿中での脱窒・アナモックスによる窒素ガス放出が、海域によっては堆積物中よりも多い可能性も。
【海洋生元素循環2】


☆Analytical Chemistry☆

Ion/Ion Reactions: New Chemistry for Analytical MS
Scott A. McLuckey and Teng-Yi Huang
Anal. Chem., Publication Date (Web): September 16, 2009, DOI: 10.1021/ac9014935
→新しい質量分析法として、気相でのイオン/イオン反応のレビュー。
【最新論文(化学系)】

In Situ Metabolic Profiling of Single Cells by Laser Ablation Electrospray Ionization Mass Spectrometry
Bindesh Shrestha and Akos Vertes
Anal. Chem., Publication Date (Web): September 17, 2009, DOI: 10.1021/ac901525g
→レーザーアブレージョンとESI-MSの組み合わせ(LAESI-MS)で、単一細胞の代謝物を、大気圧でin situで調べられるらしい。将来はイメージングも可能?
【最新論文(化学系)】


☆Rapid Communications in Mass Spectrometry☆

Advantages of compound-specific stable isotope measurements over bulk measurements in studies on plant uptake of intact amino acids
Leopold Sauheitl, Bruno Glaser, Alexandra Weigelt
Rapid Communications in Mass Spectrometry, Published Online: 15 Sep 2009, DOI:10.1002/rcm.4255
→植物によるアミノ酸吸収の評価として、同位体ラベルを使う時の、バルク分析とアミノ酸化合物レベル分析の比較。バルク分析だと、アミノ酸吸収量を過大評価する傾向にあるので、化合物レベル分析が必要らしい。
【最新論文(化学系)】

Selective imaging of positively charged polar and nonpolar lipids by optimizing matrix solution composition
Yuki Sugiura, Mitsutoshi Setou
Rapid Communications in Mass Spectrometry, Published Online: 16 Sep 2009, DOI:10.1002/rcm.4242
→マトリックス支援レーザー脱離イオン化-イメージング質量分析法(MALDI-IMS)の脂質分析における、サンプル前処理法の最適化。地球生命科学的な応用を考えると、MALDI-IMSとTOF-SIMSでは、どちらが使える手法なのだろう?
【最新論文(化学系)】

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